虽然幸存者们绝对不会再想着去吕宋岛或者棉兰老岛尝试冒险了，但作为此行的主要目标，香料仍然是一个无法拒绝的诱惑。指挥官的不幸离世，让船队暂时失去了方向。剩余的两条船在苏禄海周边地带，整整盘桓了半年时间。棉兰老、巴拉望、加里曼丹等岛屿，都留下了他们的足迹。直到找到一个愿意为他们带路的土著向导，船队才在1521年11月-12月，抵达盛产香料的摩鹿加群岛和班达群岛。幸运的是，葡萄牙的势力此时还仅仅局限于马六甲一带。认为已经垄断了香料贸易的葡萄牙人，之前并没有在马来地区东部，包括香料群岛布设殖民点和海军力量。此时对于葡萄牙人来说，乘势穿越南海，打通前往中国的海上贸易线才是重心。

由于没有葡萄牙人的干扰，麦哲伦船队剩下的100余名船员，很快便同香料群岛上的穆斯林统治者愉快的完成了交易，将香料装满了船舱。不过这并不代表问题的解决，对于没有麦哲伦那样远大抱负的船员来说，这些倾尽所有交换来的香料，如果不能安全运抵西班牙，这次航行将变得毫无意义。

很显然，葡萄牙人绝不会坐视西班牙人从自己的口中夺食。为了规避风险，麦哲伦残余的手下决定分兵两路，其中麦哲伦的旗舰特亚尼达号原路返回。虽然不能亲身完成环球旅行，但这条来时的路线最起码可以规避葡萄牙的围追堵截。然而葡萄牙人并非海上唯一的挑战。如果说来的时候，麦哲伦和它的旗舰恰好规避了太平洋上的台风季，那么重新穿越太平洋时就没有那么幸运了。

1522年4月离开香料群岛的特亚尼达号，正好一头撞上了当年的台风季。连续不断的风暴，甚至将它吹到了千岛群岛附近海域。以至于不得不在4个多月后返回了摩鹿加群岛。不幸的是，感觉到西班牙人威胁的葡萄牙人（麦哲伦的航行并不是秘密），正派出一支舰队前往香料群岛选址修筑据点。倒霉的西班牙人很快便成为了葡萄牙舰队的俘虏，那些辛苦收购来的香料自然成为了葡萄牙人的战利品（最终只有4名水手，活着回到了西班牙）。

麦哲伦船队航行路线图

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相比之下，另一条名叫“维多利亚号”的船只要幸运一些（只是相对而言）。它的航向是选择向南，从帝汶岛东部进入印度洋，向好望角方向航行。这样做的好处是可以绕过葡萄牙人在马六甲及整个印度洋周边布设的据点。为了做到这一点，西班牙人在南印度洋航行了将近4个月时间。然而就算西班牙人能够绕过好望角，也并不代表规避了风险。要知道，葡萄牙人已经开拓了整个非洲西海岸。这一担心并非没有道理，在被迫伪装进入佛得角群岛补给时，维多利亚号就差点被葡萄牙人扣压。尽管得以逃脱，也还是有13名船员被俘（后经外交途径获释）。

在离开西班牙几乎整整3年后（1519年9月20日-1522年9月6日）， “维多利亚号”终于驶入了西班牙港口，此时船上已经只剩下18名船员。坏血病和各种意外夺去了大部分船员的生命。之所以要叙述这些细节，是因为这次环球探索之旅，无论从意义还是难度上，都超过了以往任何一次航海行动。从人类的角度来看，终于实地验证了地球是一个“球”；从当时的地缘政治角度来看，则意味着之前的“教皇子午线”，已经不能再帮助天主教双雄分割地球了，一场改变世界的新博弈即将拉开序幕。