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关于硒代重原子解结构的基本流程

已有 5608 次阅读 2015-8-14 02:13 |系统分类:科研笔记

下面是基本流程。详细过程等有空了再码字吧。。。


1. 用xds 处理数据。编辑xds.inp, 注意选择FRIEDEL'S_LAW=FALSE.

其余照常处理。

2. 用xscale scale数据。

3. 用xdsconv将数据convert成file.mtz.


4. 使用hkl2000(shelxCDE)寻找重初始原子位置, 调整不同的参数(estimate重原子的个数,使用不同的分辨率,不同的cycle等。正解的标志是 有一个很大的gap表明有一个distinct的population出现,并且两个hand之间的差距比较大。


5.使用sharp refine 重原子的位置并找到更多的重原子并进行density modification。 输入波长,重原子类型等参数。autosharp/sharp 也可以直接用来寻找重原子。


6.使用solve/resolve (phenix包含) 进行模型搭建。


另外一种alternative 是直接使用phenix solve/resolve 进行重原子的寻找和模型构建。



http://blog.sciencenet.cn/blog-385747-912900.html

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