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如何用Markdown写论文? 精选

已有 5990 次阅读 2017-12-4 19:21 |系统分类:科研笔记

本文用简明的样例,介绍如何使用Markdown和自动化工具帮你处理数学公式、参考文献引用、图片交叉索引等学术论文写作中常见的棘手问题。快来试试吧。

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苦恼

自从我学会了如何在数字文档上用红笔写写画画,跟学生合写文章和指导毕业论文的工作就变得轻松多了。

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有的部分,学生会很快改完反馈给我。但是我发现每次对引言和文献综述部分做出调整要求,学生们的反馈都非常慢。

有的时候,学生甚至会求饶,“老师,参考文献顺序能不能不动?或者全文都确定下来再统一做?每次调整一个,就需要很长时间!”

我一时惊愕,为什么需要那么久?

后来才明白,他们居然是在word中一条条手动插入尾注,来引用参考文献的。尾注的内容有的直接搬过来,有的手动输入,结果参考文献列表的格式“丰富多彩”——有的信息不全,有的格式根本就不符合GB/T 7714-2015的规范。

在我的帮助下,许多学生学会了使用NoteExpress, Endnote, Zotero和Mendeley等工具,用自动化方式管理和引用参考文献。

但即便是这样,效率依然不够高。尤其是跟别人协作的时候,参考文献引用的修改就成了噩梦。

你可能需要每次都把Mendeley或者Zotero的文献库同步给对方,否则自动生成的引用标记就容易乱掉。

写作学术论文时,你还不得不时常面对图表交叉引用、数学公式和脚注等问题。如果方法不当,会把宝贵的时间和注意力耗散掉,劳而无功。

Word编辑器用来写学术论文,可能真的并不是最优方案。

但是没办法,国内学术界,尤其是人文社科领域,目前投稿模板还主要是Word的。

好消息是,即便是形成Word文稿,效率也是可挖掘的。

我平时写作学术论文的时候,用的依然是让人喜欢的标记语言——Markdown。对,你没听错,它不光可以帮你写公众号、做幻灯,也可以写论文哦。

通过本文,我把自己用Markdown写作学术论文的流程分享给你。希望看过之后,能帮助你提升效率,带来更多愉悦的写作体验。

方案

我的方案,是采用Markdown来写作内容。然后用文档格式处理界的瑞士军刀Pandoc,把内容转换成Word格式。

Pandoc实在是黑科技。我曾经用它给你演示了如何把思维导图秒变成幻灯。还记得其中这张图吗?

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图中每一个节点,都是Pandoc支持的一种文档格式。Markdown, Docx, PDF, LaTeX, ePub, HTML …… 基本上涵盖了我们常见的发布格式需求。

一次写作,多种格式发布。听起来是不是很兴奋呢?

要使用这一方案,我们需要安装一些必要的工具。这就开始吧。

环境

我们需要安装以下几样东西:

  • Python 运行环境;

  • Pandoc;

  • Atom编辑器;

  • 样例文件夹。

下面我们一一介绍安装方法和注意事项。

Python环境

我们的演示中,需要用到pip等Python环境工具。最简便的方法是安装Anaconda套装,这样就不必对各种组件一一手动调整安装了。

请到这个网址 下载最新版的Anaconda。下拉页面,找到下载位置。根据你目前使用的系统,网站会自动推荐给你适合的版本下载。我使用的是macOS,下载文件格式为pkg。

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下载页面区左侧是Python 3.6版,右侧是2.7版。请选择2.7版本。

双击下载后的pkg文件,根据中文提示一步步安装即可。

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Pandoc

请到这个网址下载Pandoc。

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根据你的操作系统,下载对应的版本。我在macOS下,需要下载其中的pkg扩展名安装包,双击安装。

为了处理图形的交叉引用,我们需要添加一个pandoc插件。

在终端(macOS, Linux)或者命令行(Windows)下,执行:

pip install pandoc-fignos

正常安装后,pandoc就算准备好了。

Atom编辑器

请到这个地址下载Atom编辑器。网站会根据你的操作系统,自动找到对应的版本供你下载。

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因为我用的是macOS,所以这里网站提供的是苹果版本Atom。

下载之后,安装运行。然后你需要安装1个插件,帮你预览Markdown,叫做markdown-preview-enhanced

安装方法如下:

使用Cmd + ,呼叫配置菜单。注意我这里说的是苹果系统macOS上的操作。如果你用的是Windows,请把所有出现的Cmd按键替换为Ctrl按键,或者查阅帮助文档。

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选择左侧边栏的最后一项+号,用于安装新的插件。

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在搜索框中输入该插件的名字:markdown-preview-enhanced,点击搜索结果中该插件的Install按钮。

很快,插件安装好了。

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这样,我们就可以实时查看Markdown的预览效果了。

样例文件夹

我专门为这篇教程,准备了一个github项目。

请从这个位置,下载压缩包,之后解压。

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把其中的demo.md文件拖动到Atom编辑器中,就可以正式开始我们的探索之旅了。

基础版本

Atom编辑器里,demo.md文件显示如下。

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左侧是Markdown源代码,对应的预览效果在右侧显示。

这里我们只包含了最简单的文本和图片。图片在我们刚刚下载文件夹的/assets子目录中。

到终端下,采用cd命令进入咱们的演示文件夹(我的在~/Downloads/demo-scholar-markdown-docx-master),执行:

pandocdemo.md-odemo.docx

可以看到,当前文件夹下,生成了demo.docx文件。

打开Word文件,内容是这样的:

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基础版本的格式转换,就是这么简单。下面我们就要添加一些内容,让文稿变得愈加有学术色彩。

数学公式

我们尝试插入数学公式。

在Markdown下,可以直接使用LaTeX数学公式。你只需要负责键入符号,Pandoc负责将其转换成漂亮的公式显示在Word中。

如果你对LaTeX数学公式的输入不是很熟悉,不要紧,这里有个小抄(cheatsheet),你可以参考。

我们打开demo-math.md,可以看到这次除了刚刚的内容,还增加了一个新的部分,叫做“数学公式”。

内含一个经典物理学公式,还有相应的变量解释。

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在右侧预览区里面,我们看到了公式预览的效果。

回到终端下执行:

pandocdemo-math.md-odemo-math.docx

这次生成的docx文件如下图所示:

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转换后的word文件里,不论是独立公式,还是行内数学符号,都显示正常。

脚注

写学术论文的时候,经常需要加入脚注。例如在首页需要添加作者和基金支持信息之类。咱们也尝试在本部分加入对应内容。

打开demo-footnote.md,对比一下添加了哪些信息。

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脚注用[^1]来表示。内容用同样的符号,后接冒号,然后填写具体信息。

这次的预览中,我们看到了脚注的标注,但是脚注内容哪儿去了?

别担心,拖拽右侧的预览窗口,我们就能看到脚注了。

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但是转换成word后,这脚注还在第一页吗?

我们到终端下,执行pandoc命令:

pandocdemo-footnote.md-odemo-footnote.docx

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脚注如同我们需要的那样,显示在了首页底部。本部分测试成功。

文献引用

下面我们进入关键阶段——文献引用了。

我们打开百度学术,找几篇跟大数据特性相关的文献。

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键入检索主题词“大数据+3V+5V”,搜索后的结果如下:

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点开第一篇,我们看看内容。

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页面下方有全文链接,我们选择知网。

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点击PDF下载,查看全文。其中包含以下内容,跟咱们这篇文稿的主题相关。

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我们决定引用这篇参考文献。

回到百度学术的页面,点击引用按钮。

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在弹出页面中,点击下方蓝色的“BibTex”。

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如上图所示,该文献的Bibtex信息就是这样的一段文本。我们将其拷贝下来,存储到.bib文件里。

依此类推,我们再下载其他两份文献的Bibtex信息。

你可以打开演示目录内的myref.bib文件查看,内容如下图所示:

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下面我们就要引用这些文献了。

打开demo-citation.md。

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引用的时候,我们使用Bibtex中每条文献信息大括号内的第一个字段,前面加上@符号,用方括号扩起来。需要引用多条文献的时候,在方括号内,对不同文献标记用分号区隔。

我们很容易就发现,参考文献的预览信息是不正确的。

下面我们看看Pandoc能否帮助我们将其转换成为正确的Word内容。

注意这次需要使用的参数比较多。因为我们不光需要指定参考文献的格式,还得告诉Pandoc,参考文献数据存储在了哪里(myref.bib)。

pandoc --filter pandoc-citeproc --bibliography=myref.bib --csl=chinese-gb7714-2005-numeric.csl demo-citation.md -o demo-citation.docx

打开转换后的word,看看效果。

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Pandoc正确地帮我们把文献的引用标记信息转换成为了上角标,根据出现的顺序自动编排序号。对于多个文献的引用情况,也做了对应的处理。

参考文献列表呢?

我们翻动页面到文末。

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参考文献列表已经根据GB/T 7714-2015的规范自动生成。

将来无论是对文献引用作增删、移动、修改,都可以通过执行上面的一条命令自动更新。非常方便。

图片引用

写作长篇学术论文(例如毕业论文)时,图片可能会有很多。引用起来如果手动编号,将来插入新的图片,就得手动重排许多后续内容,很麻烦。

下面我们尝试在Markdown里插入图片标题,并且在文中作交叉引用。

请打开demo-figref.md,内容如下:

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注意这里图片使用时,加入了一些新的信息。前面的方括号里面,加上了图标题;后面的大括号,使用#fig:id的方式,加入了图的标记。

引用的时候,采用{@fig:id}的方式,分别引用每个图形。

注意右侧的预览区,图标记都是原封不动显示的。

为了能够让图片引用的时候使用“图”,而不是“Figure”,我们在文件首部插入4行内容:

---
fignos-cleveref: On
fignos-plus-name: 图

预览中,这部分也出现在了文章首部,很难看。

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我们执行以下的pandoc命令,注意此次加入了图片引用处理要求。

pandoc --filter pandoc-fignos --filter pandoc-citeproc --bibliography=myref.bib --csl=chinese-gb7714-2005-numeric.csl demo-figref.md -o demo-figref.docx

这次生成的Word里面,图片自动加上了编号。

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第二张图,序号也符合我们的预期。

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注意,目前这个图片自动编号的功能对于中文支持还有些问题。例如标题中依然显示为“Figure”,而非我们想要的“图”。不过我们只需要调整替换图标题即可,所有的引用都是正常的。

如果你的学术论文里面有数十或上百张图片,你会立即体会到这种引用方式的好处。

小结

本文我们用一个最小化的样例,介绍了如何在学术论文写作时,利用Markdown和Pandoc处理以下格式信息:

  • 数学公式;

  • 脚注;

  • 文献引用;

  • 图片引用。

此时再来看我们生成的Word文稿,已经变成了这个样子:

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是不是很有成就感呢?

举一反三,你也可以把这些技巧和方法应用于其他学术文稿的写作中,它们包括而不限于开题报告、结项报告,甚至是科研项目申请书。

希望这些展示,能对你写作学术文稿效率的提升,起到促进作用。

讨论

你平时经常写学术论文吗?用的是什么工具?效率如何?除了本文介绍的方法外,有没有更好的工具和流程推荐给大家?欢迎留言,分享你的思考和经验,我们一起交流讨论。

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