作者：王丽

Installation

对于生物信息学分析，软件安装大概分为四个阶段。

1. 阅读该软件的参考文献，这个可以参考该软件的官网，查找“publication”，在发表该软件的文章里会有该软件的主要应用领域说明，详细算法介绍，相对于同领域其他工具的优势详解。阅读参考文献主要目的是根据文献说明来判断该工具是否适合你的分析需要。

另一种判断是否适合你的分析需求的方法：在NCBI pubmed数据库输入该软件的参考文献，搜索，右边栏中会有一栏显示引用文献，可以通过阅读引用该软件的文献来了解该软件的具体应用方向。

2. 当确定好你需要的分析工具后，就可以来进行下载这一步了。最简单的方式，可以通过“conda”下载，例如“hisat2 conda"，前提是你的系统中需提前配置好Anaconda或者Miniconda。至于conda的环境管理需要大家自行学习。

3. 如果conda安装失败，那么就需要按照该软件官网的manual来安装，当然这里一般会涉及到解压，编译，源代码编译，环境变量修改等。

4. 如果依然安装不上，那么就要寻求帮助了，首先你可以向bing或者google求救，大部分生信分析工具由外国科研人员开发，所以百度可能帮不了你，其次你可以询问有经验的老师，师兄师姐。当然，如果你需要使用的工具是刚刚发表的，那建议直接写信给作者寻求帮助可能是更好的选择。

5. 最难受的情况，就是以上各种方法都尝试了依然安装不上，那么就可以尝试寻找其他的分析工具来解决问题，条条大路通罗马，总有其他的工具可以解决你的问题。

软件安装好之后，万里长征第一步总算迈出去了，接下来就是怎样正确的run起来进行生物信息学分析，因为你很可能会遇到各种各样的error，接下来就是一些帮助大家解决error的方法。

1. 一般每个软件中都会有测试数据，安装好之后可以尝试运行测试数据，如果测试数据运行成功，就说明软件已经安装配置完成。

2. 在run自己的数据时，建议参考测试数据格式来检查自己的数据格式，并先使用一小部分自己的数据来尝试运行。

3. 如果依旧遇到error, 那么你依然可以尝试向bing或者google寻求帮助。或者向有经验的老师，师兄师姐寻求帮助。

4. 如果仍然难以解决，可以直接写信给作者，一般作者都非常热心，很乐意帮助你来解决你所遇到的问题。