最近墨西哥的学者在国际上发表了一个根瘤菌新种——“墨西哥剑菌”(Ensifer mexicanus)。 这个名字听起来很奇特，原因在于它的属名是Ensifer,中文译为剑菌属。原来大家不用这个属名，而用Sinorhizobium(中华根瘤菌属)。

这个"墨西哥剑菌”是从墨西哥的金合欢属内的一种豆科植物(Acacia angustissima)中分离出来的。

与该菌的有关信息如下：

1）这种豆科植物Acacia angustissima分布在美洲的Chiapas, Morelos, Mexico这几个地方的热带雨林中。

2）用ssb或nolR专一性探针杂交发现它属于Ensifer。

3) 用五个染色体上的基因(gyrA, nolR, recA, rpoB, rrs)对该进行系统发育分析表明它与非洲的Ensifer terangae关系接近。

4)DNA杂交及表型分析Ensifer mexicanus与Ensifer terangae属于不同的种。

5)nifH基因分析表明这种菌的nifH不与Ensifer terangae的nifH一样，而与美洲的豆科植物中分离的属于Ensifer属的菌的nifH基因相似。

6)模式菌株有：ITTG R7 (CFN ER1001, HAMBI 2910, CIP 109033, ATCC BAA-1312, DSM 18446)

对该种的评价：

1）确定此种主要靠的是基因型特征（genotypic traits）。这是一种根瘤菌分类研究的发展趋势。

2）根瘤的采集包括野外采集根瘤，以及用豆科植物种子从土壤内捕捉两种方法，然后从根瘤内分离根瘤菌。对分离的菌再进行回接验证。对于野外不易采根瘤的可用土壤捕捉法。

3）只做了7株菌。和我们平时做上百株菌相比，简直太少了！！！

4）用ERIC法进行基因组指纹图谱比较分析，对指纹图谱一样的菌不再做进一步基因分析，而只对指纹图谱不一样的菌，然后进行基因序列的测定和分析，以排除是一个克隆。这个对我们来说，要注意借鉴，因为如果菌太多的话，无疑增加了工作量。

5）用P-32对模式菌株ITTG R7进行标记，然后用它作为探针与其它的菌进行膜杂交。这种方法与我们的液相色谱变性速率法不一样。

6）对5个基因进行的扩增和测序，这5个基因见上。比我们新增了gyrA, nolR,  rpoB，ssb四个基因。但这5个基因均与以16S rRNA基因构建的系统发育树拓扑结构一致。因此从构建发育树的角度看没任何意义。只是新种与已知种的基因的相似性低于96.8%。这个值可能是判断一个新是不是新种的界定值。

7）除了16S rRNA基因系统发育树用NJ法构建外，其余均用ML法构建。这是这篇论文的特点。但这些基因相对较小，用ML法构建的话，运行速度快一些。

8）做了MLEE，这种方法也只在这个实验室能做成功。其它实验室不值得借鉴。

9）做了质粒分析及nifH的杂交。

10）作者建议仍保留中华根瘤菌属，而不将中华根瘤菌属并及剑菌属，让中华根瘤菌属和剑菌属同进存在。因为它们的系统发育距离还是很远的。这是陈文新院士一直提倡的。但因为没有根瘤菌与土壤杆菌分类分委员会的首肯，因此国内外目前还没形成统一的认识。我们期盼着Sinorhizobium恢复“名誉”的那一天。

全文在这里下载： Ensifer mexicanus sp. nov.

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