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在FlowJo10中调整流式图的坐标轴

已有 44642 次阅读 2013-2-26 09:47 |个人分类:FlowJo使用|系统分类:科研笔记| 数据分析, FlowJo, 坐标轴, 流式图, 流式

在FlowJo10中调整流式图的坐标轴
作者:蔡何青,FlowJo技术专员

我们分析流式数据的目标之一是为了得到高质量的流式图。有时候一些数据的细胞压轴,我们需要对流式图的坐标轴进行调整,才能将所有细胞都呈现出来。在FlowJo10中可以灵活地调整流式图的坐标轴,这些调整包括:
1. 更换坐标轴的类型:Linear(线性), Logarithmic(对数), Logicle(双指数) (FlowJo中称为Biex)
2. 调整坐标轴的范围
3. 调整Biex坐标轴的有关参数:Extra Neg. Decades与Width Basis

对于调整流式图的坐标轴,我们经常遇到的一个疑问是:会不会是人为地更改了数据导致了数据呈现的更好?答案是否定的。更改流式图的坐标轴其实质是用不同刻度的坐标轴来显示数据,对原始数据的各项数值都没有做任何改动。

   

首先,我们来看这三种类型的坐标轴:

Linear:坐标轴的刻度是按照50K、100K、150K来标注的,是线性递增的;相当于下图中的linear方程(绿色直线)

Logarithmic:坐标轴的刻度是按照100、101、102来标注的,是指数递增的;相当于下图中的exponential方程(黑色曲线);坐标轴的刻度数值>0,不能显示0及0以下的数据

Logicle (Biex):能显示0及0以下的数据;是按照下图中的Logicle方程来标注刻度的,见下图中的红色曲线,在低位段(此图例中大约为Y轴的-25至+25位段)是以接近于linear方程(绿色直线)的形式来标注刻度,在高位段(此图例中大约为Y轴<-25位段和>25位段)是以接近于exponential方程(黑色曲线)的形式来标注刻度

 
(图片引自:David R. Parks. 2006. A New "Logicle" Display Method Avoids Deceptive Effects of Logarithmic Scaling for Low Signals and Compensated Data. Cytometry Part A)

那么,什么时候用哪种坐标轴呢?
Linear:散射光参数,如FSC和SSC
Logarithmic:荧光参数,
Logicle (Biex):荧光参数,多色实验的荧光参数一般都要使用Logicle轴,因为荧光补偿之后会产生负值

FlowJo 10中的自定义参数轴窗口
点击图形窗口界面的“T”按钮,选择“自定义参数轴”,打开自定义参数轴窗口,如下图所示:
 
①更换坐标轴的类型:Linear,Logarithmic,Biex
②手动输入坐标轴的范围,包括最大值和最小值
③通过增加和减少按钮调整坐标轴的范围
④当使用Biex坐标轴时,调整Extra Neg. Decades值的大小,
⑤当使用Biex坐标轴时,调整Width Basis值的大小
(关于Extra Neg. Decades与Width Basis的详细解释,请参考博文《FlowJo应用常见问题及其解答》中的内容)

应用实例——多色流式数据分析时调整某个荧光参数的坐标轴
数据来源:Accuri C6采集的数据
步骤:
①导入数据,设门分析后得到了CD4 vs. CD8的点图,如下图所示。对于补偿过的荧光参数,FlowJo 10会默认以Biex坐标轴来显示,而且软件自动对其Extra Neg. Decades与Width Basis值进行了调整
②在下图中,我们能发现最右边的一群细胞有压轴的现象,而且软件也给出了提示:有一小部分细胞压在了X轴上,因此需要对Y轴坐标轴的范围进行调整
 
③点击Y轴的T按钮,打开“自定义参数轴”窗口,将Extra Neg. Decades由默认的0调为1,再增加一段负的刻度段来将0以下的所有数据完全显示出来。操作如下图所示
 
④点击“应用”按钮,得到结果如下图所示:原来压轴的数据完全显示出来了
 



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