JC-1 检测线粒体膜电位（Membrane potential）原理：
在细胞凋亡的过程中往往伴随着线粒体跨膜电位的破坏，这被广泛认为是细胞凋亡过程中最早发生的事件之一。线粒体膜电位的检测有很多方法，JC-1的流式检测是比较常见的一种方法。
JC-1有单体和多聚体两种存在状态，低浓度时，以单体存在，可检测到绿色荧光，用流式检测时，通常为FL-1通道(和FITC同通道）高浓度时，以多聚体存在，可检测到红光，流式检测通常为FL-2通道（和PE同通道)。因JC-1浓度的变化,在单体和多聚体之间形成一个可逆的转变过程。
正常细胞，膜电位正常时，JC-1通过线粒体膜极性进入线粒体内，并因浓度升高而形成发射红色荧光的多聚体，而凋亡细胞，线粒体跨膜电位去极化，JC-1从线粒体内释放，浓度降低，逆转为发射绿色荧光的单体形式。故而可以通过检测绿色和红色荧光来定性(细胞群的偏移）定量（细胞群的荧光强度）的检测线粒体膜电位的变化。

JC-1 检测线粒体流式数据分析：
1.定性分析
图1：

图片来源：中国流式协会网站论坛
图2：细胞经过药物不同时间点处理后，凋亡细胞逐渐增多，从原先的红光多聚体，慢慢的释放为绿光单体。

图片来源：
Journal of Translational Medicine 2011, 9:45
2.定量分析
图3：


图片来源：
Leukemia(2012) 26, 451-460