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FlowJo中的公式编辑

已有 12971 次阅读 2012-12-29 11:53 |个人分类:FlowJo使用|系统分类:科研笔记| 编辑, 公式, 数据分析, FlowJo, 流式

FlowJo中的公式编辑
作者:蔡何青,FlowJo 技术专员

在分析流式数据时可能会需要编辑一些公式,最常见的是计算两个参数的比率。比如在利用Indo-1测量钙离子流量的实验中,计算Indo-1 violet和Indo-1 blue这两个参数的比率(Figure 1);在报告基因分析时,计算EGFP表达量和DsRed表达量之比(Figure 2)。在Figure 2中,流式仪上采集到的只有EGFP和DsRed的荧光参数,分析数据的时候需要的参数是EGFP/DsRed之比。这种情况下,可以使用FlowJo的衍生参数(Derived Parameters)功能,通过编辑公式新建EGFP/DsRed这个参数。
  
以Figure 2为例,通过衍生参数功能添加EGFP/DsRed参数的步骤如下:
1. 到“Tools”菜单栏里选择“Derived Parameters”,新建一个衍生参数并命名为EGFP_DsRed_ratio
2. 编辑公式:在Insert Reference中选择FL1::EGFP,选择÷,再选择FL2::DsRed
3. 确定参数的属性:由于是荧光参数之间的比率,一般用Log轴;设置参数轴的最小值为0.01,最大值为1000
4. 选择Apply to group,将新建的EGFP/DsRed添加到该组实验的所有样本中。
5. 得到的EGFP_DsRed_ratio参数的点图和直方图如下图所示: 
在衍生参数功能中,还可以根据需要编辑许多公式,如下图所示:

此外,在表格编辑器中也可以编辑公式,对得到的数据结果进行运算,比如在下面的抗体滴定实验的例子中,需要确定CD8-FITC抗体的最佳稀释浓度,可以通过CD8-FITC阳性细胞群和CD8-FITC阴性细胞群MFI(Median Fluorescence Intensity)的比率来确定。
 
步骤如下:
1. 将CD8-FITC Median和CD8-FITC+ Median拖入表格编辑器,点击添加列按钮
 
2. 在Column Information窗口中选择Formula选项卡
3. 编辑公式,CD8-FITC+ Median除以CD8-FITC- Median
4. 点击OK确认
5. 在表格编辑器中点击Batch按钮进行批处理
6. 得到结果如下表,随着抗体浓度的增大,阳性群和阴性群MFI的比率不断增大,当抗体浓度增大到1之后,MFI ratio没有大的变化,因此可以确定最佳抗体稀释浓度为Sample 3所在的抗体浓度。
 



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