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我们知道三代基因组测序,具有长读长的优点。wtdbg2软件,采用De Bruijn算法。在进行三代测序基因组组装时,wtdbg2软件首先将长片段打断为1000bp左右的reads,在计算时软件将reads继续打断为长度为0-25bp长度的k-mer(也就是-k,-p选项的参数设置)。
比如:现有ATCGATCG序列,若设置k=5,则会生成ATCGA,TCGAT,CGATC,GATCG四条k-mer,通过k-mer间的重合,最终得到contigs。因此,-k选项,可以更根据测序深度,与测序质量的高低进行调高或调低。-e选项则为reads重合片段的最小测序深度(edge overlap depth)。如-e=5时,边缘的重合深度小于5时则舍弃此overlap。
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GMT+8, 2024-10-19 23:21
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