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经典狂犬病毒的分子流行病学(一)

已有 1027 次阅读 2021-9-15 05:55 |个人分类:狂犬病防治|系统分类:科普集锦

狂犬病的分子流行病学(一)

全球分布世系(Cosmopolitan lineage)-(1)

——大型学术专著《狂犬病(Rabies)》最新版选译

 

5章 分子流行病学(Molecular epidemiology)

作者:Susan A. Nadin-Davis

加拿大渥太华:加拿大食品检验署,渥太华Fallowfield实验室。

Canadian Food Inspection Agency, Ottawa Laboratory- Fallowfield, Ottawa, ON, Canada)

5.狂犬病毒的分类Lyssavirus taxonomy

5.4.1 丽沙病毒属的物种(Lyssavirus species)

5.4.2 狂犬病相关丽沙病毒(lyssaviruses)的分子流行病学

5.4.2.1  澳大利亚蝙蝠丽沙病毒(ABLV) 

5.4.2.2  欧洲蝙蝠丽沙病毒(EBLV) 

5.4.2.3  亚洲蝙蝠丽沙病毒Asian bat lyssaviruses 

5.4.2.4 非洲的丽沙病毒Lyssaviruses of Africa

5.4.3. 经典狂犬病毒(RABV)的分子流行病学(一)

对全球流行的经典狂犬病毒(rabies virusRABV)进行的最全面的系统发分析Phylogenetic analysis确定了8个主要世系(lineages),包括6个犬科动物相关世系,估计出现于500至700年前;还有美洲的两种世系,以前统称为洲本土世系(American Indigenous lineage)。

 image.png

5.2 代表性RABVN基因序列的系统发分析Phylogenetic analysis

(A) 采用松弛分子钟relaxed molecular clock)的GTR+G+ I取代模型195个RABV进行BEAST分析。节点上的值表明了估计的支系clade出现的年份和变动范围(括号中),基于95%最高后密度(highest posterior density HPD)值。时间尺度显示在底部。如图所示,七个世系的所有后验值posterior values均为最大值1。除了5个缺少日期信息的样本外,在这棵树中使用的所有样本也都包含在(B)-(D)()

 

5.4.3.1 全球分布世系(Cosmopolitan lineage)-(1)

地理上分布广泛的全球分布世系被认为起源于大约300年前的欧洲。基于这一世系的所有成员具有遗传相关性,尽管地理上高度分散并与多宿主物种联系,这一世系被广泛认可是在殖民活动和随后的大规模人类迁移期间分布到世界地。

由于狂犬病的潜伏期通常很长,受感染的动物(可能是狗)有可能随人类前往不同大陆的若干个国家旅行,在这些国家,病毒传播可能会启动新的维持周期,无论是在狗或其他当地哺乳动物种群。在这个世系中,可以辨认出几个不同的分支clades

欧洲犬类狂犬病从中世纪开始就有大量记录,在20世纪早期被一场宿主转换事件所取代在第二次世界大战之后发生了由东欧向西传播的红狐疫情爆发。对这一欧洲狐狸病毒分支 clade 的遗传研究确定了在欧洲西部(WE)、中部(CE)、东部(EE)和东北部(NEE)地区流行的几种地理上局限的变种

西欧几个国家的口服疫苗接种项目已经成功根除了西欧的狐狸狂犬病变种,随着一些东欧国家寻求改善与欧盟的经济联系,这些国家狂犬病监测和控制的加强使人们对的状况有了更好的了解。结果发现东欧的狐狸身上有几种此类变种持续存在

西欧(WE在波斯尼亚-黑塞哥维那Bosnia-Herzegovina、黑山Montenegro和斯洛文尼亚Slovenia持续存在,2008年从那里进入意大利,而在巴尔干东部地区,东欧(EE占优势;这两种类型的变种在克罗地亚Croatia都有记录。许多不同的变,包括EE(东欧)NEE(东北欧)变种以及俄罗斯变种,已知已经在罗马尼亚传播,罗马尼亚位于欧洲大陆的中心位置;这些变种中的一些向南传播到塞尔维亚Serbia和保加利亚Bulgaria已经被记录在案,而一种被称为塞尔维亚狐狸变种的独特类型也被描述过。近年来,EE(东欧)变种已经传播到马其顿Macedonia共和国,随后又传播到希腊。2013年匈牙利的狐狸狂犬病爆发也与从罗马尼亚传播的病毒有关。

巴尔干地区也观察到这种全球分布世系的其他变种,包括可能更古老的现已灭绝的狗相关病毒。NEE(东北欧)CE(中欧)变种继续在波兰和乌克兰的狐狸种群中传播,而随着raccoon dog 从东亚引入欧洲,NEE(东北欧)变种在爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛这三个波罗的海国家的这种野生犬科动物种群中稳定存在。通过ORV(口服狂犬病疫苗)根除这种地方性动物流行病的努力取得一些成功。

俄罗斯,有几种全球分布世系的变种出现;据报道,最流行草原RABV (CA1)发生在红狐和corsacfoxes身上,在俄罗斯中部和所研究的许多位于草原生态区的其他国家广泛传播,从该国可能的起源地西部地区向东传播。在俄罗斯特维尔 Tver地区发现的另一种变种与来自中欧的病毒(CA3)类似,俄罗斯西部地区已报告NEE(东北欧)变种病例,而在南部地区已发现与中东地区相关的病毒。

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