pan-genome

• GraphTyper

• Programing language：C++

• Reference：    

• 10.1038/ng.3964（Nature Genetics，2017）

• 10.1038/s41467-019-13341-9（Nature Communications，2019）

• Manual：https://github.com/DecodeGenetics/graphtyper/wiki/User-guide

• Link：https://github.com/DecodeGenetics/graphtyper

• panX

• Programming language：Python

• Reference：https://doi.org/10.1093/nar/gkx977（Nucleic Acids Research, 2018）

• Manual：github.com/neherlab/pan-genome-analysis

• Link：github.com/neherlab/pan-genome-analysis

• MoMI-G
  

• Programing language：TypeScript(40.8%)+JavaScript(30.6%)

• Reference：10.1186/s12859-019-3145-2（BMC Bioinformatics，2019）

• Manual：

• https://momi-g.readthedocs.io/en/latest/

• http://demo.momig.tokyo/

• Link：https://github.com/MoMI-G/MoMI-G

• PEPPAN

• Programming language：Python

• Reference：10.1101/gr.260828.120（Genome Research，2020）

• Manual：https://github.com/zheminzhou/PEPPAN

• Link：https://github.com/zheminzhou/PEPPAN

• minigraph

• Programing language：C(67.2%)+JavaScript(10.5%)+TeX(16.3%)

• Reference：10.1186/s13059-020-02168-z（Genome Biology，2020）

• Manual：https://github.com/lh3/minigraph

• Link：https://github.com/lh3/minigraph

• vg

• Programing language：C++
  

• Reference：10.1186/s13059-020-1941-7.（Genome Biology，2020）

• Manual：

• https://www.biostars.org/t/vg/wiki

• https://www.biostars.org/t/vg/

• Link：https://github.com/vgteam/vg

• HUPAN

• Programing language：C(34.6%)+C++(31.9%)+perl(19.3%)

• Reference：10.1186/s13059-019-1751-y（Genome Biology，2020）

• Manual：https://github.com/SJTU-CGM/HUPAN

• Link：https://github.com/SJTU-CGM/HUPAN

• gramtools

• Programing language：C++(73.2%)+Python(13.5%)+C(7.0%)

• Reference：10.1186/s13059-021-02474-0（Genome Biology，2021）

• Manual：https://github.com/iqbal-lab-org/gramtools/wiki

• Link：https://github.com/iqbal-lab-org/gramtools