#差异分析完整解决方案：Easystat

#参考https://cloud.tencent.com/developer/article/1655550 学习进行个人整理

data_wt.csv

library(devtools) 

remotes::install_github("taowenmicro/EasyStat")

remotes::install_git("https://gitee.com/wentaomicro/EasyStat")

# 导入差异分析包

library(EasyStat)

library(ggplot2)# 用于作图

library(dplyr)# 用于数据处理

# #使用内置数据1

data=as.data.frame(data_wt)

#单个指标一体化分析（SingleStat）

#这个函数可以将我们的目标列做正态检验和方差齐性，

#然后根据结果选择方差检验或者多重比较方法，

#最后选择自己需要的出图方式和显著性标记方式展示。

#data：输入数据框，第一列为样本编号，第二列为分组，注意分组标签必须设定为group，第三列以后就是测定或者收集的指标了

#i：代表您想要进行统计的列，比如：第三列：i = 3

#method_Mc：选择需要使用的多重比较方法，这里又多种方法可供选择：method_Mc == “LSD”;method_Mc == “SNK”;method_Mc == “Duncan”;method_Mc == “scheffe”

#plot：可以选择需要的出图类型，柱状图和箱线图 

#sig_show ="line",sig_show ="abc",

# ?SingleStat

# # #使用案例

# #输出结果第一个为图片，第二个是统计结果，第三个是统计方法

result1 = SingleStat(data = data_wt,plot = "boxbar",method_Mc = "Tukey",i= 4,sig_show ="Line")

# #导出图片

p1 = result1[[1]]

p1

#可以更换出图方式,当然这里会自动判断使用方差分析，还是非参数检验。

#选择结果会展示在结果的第三个列表中，可自行查看。

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#多个指标一体化分析(MuiStat)

#实现了多个指标批量整体运行；

#这个函数可以将我们的目标列做正态检验和方差齐性，

#然后根据结果选择方差检验或者多重比较方法，

#最后选择自己需要的出图方式和显著性标记方式展示。

# ?MuiStat

#使用案例

result2 = MuiStat(data = data_wt,num = c(4:7),method_cv = "leveneTest",

                  method_Mc = "Tukey",sig_show  = "abc",ncol = 4,

                  plot = "box",plottype = "mui")

p2 <- result2[[1]]

p2

# 提取方差检测的列

result2$aov

#> result2$aov

#[1] 4 6 7

result= aovMcomper(data = data_wt, i= 4,method_Mc = "Tukey")

# # 提取多重比较结果

result[[1]]

#柱状图展示方差分析或非参数检验结果（aovMuiBarPlot）

PlotresultBox = aovMuiBoxBarP(data = data_wt, i= 4,sig_show ="abc",result = result[[1]],ns = TRUE)

#提取图片

p3 = PlotresultBox[[1]]

p3

# 提取非参数检测的列

result2$wlx

# ?KwWlx

res = KwWlx(data = data_wt, i= 5)

# 调用非参数两两比较结果：字母标记展示

res[[1]]# #导出图片

#柱状图展示方差分析或非参数检验结果（aovMuiBarPlot）

# ?aovMuiBarPlot

###----使用方差检验结果和多重比较结果做展示：柱状图展示

PlotresultBox = aovMuiBoxBarP(data = data_wt, i= 5,sig_show ="abc",result = res[[1]],ns = TRUE)

#提取结果

p4 <- PlotresultBox[[1]]

p4

#aovMuiBarPlot,PlotresultBar[[1]]

#aovMuiBoxP,PlotresultBox[[1]]

#aovMuiBoxBarP,PlotresultBox[[1]]