定义：细胞以可逆的方式动态切换出不同的细胞表型（Phenotype）的能力，通常指的是干细胞（Stem Cells），例如：癌症干细胞（Cancer Stem Cells）。因为这一切换过程涉及到多种细胞内在以及外在因素的调控，因此这是一个复杂的过程。

过程：细胞表型的切换需要抑制前一个细胞表型有关的基因表达，同时需要激活新的细胞表型有关的基因的表达。

意义：研究细胞可塑性对于探索癌细胞抗药性、肿瘤复发以及癌细胞的转移具有重要意义。

定义：又名伪时间序列（Pseudo-Time），指的是根据表达模式的相似度构造出的细胞分化的方向和路径。这是一个虚拟的概念。

拓扑结构：如今人们已经构造出了多种细胞分化轨迹的形状，包括：圈、直线、分叉、树、连通图和不连通图，等等。拓扑结构的不同决定了需要采用不同的算法构造分化轨迹。

意义：获取细胞的分化轨迹有助于进一步对细胞进行分类和分型，可以起到降低噪音、提高准确率的作用。

定义：细胞谱系指的是原始细胞（例如：胚胎干细胞）演化为一个分化细胞的历程。它的起点是起始细胞，终点是一个不能再分裂的细胞。

方法：最初人们主要依靠肉眼观察来研究细胞谱系，该方法仅仅适用于某些透明的生物细胞。后来，由于共聚焦显微镜的发明与推广，人们可以观察更加复杂的细胞谱系。另外一种主流方法就是克隆法。

定义：RNA速率指的是基因表达状态相对于时间的导数，或者说是已剪接mRNA（Spliced mRNA）和未剪接mRNA（Unspliced mRNA）的含量相对于时间的变化速率。RNA速率为正值，表示该基因正在被上调，也就是目前有大量的未剪接的mRNA；相反，RNA速率为负值，表示该基因正在被下调。

意义：RNA速率可用于预测细胞未来的表达状态研究细胞动态（Dynamics），构造细胞分化轨迹，估计转录、剪接和降解的速率以及对不同的细胞动力学机制（Kinetics Regime）进行分类。