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小程序:从fasta序列中挑选出特定fasta序列

已有 1753 次阅读 2022-10-23 01:00 |个人分类:生物信息|系统分类:科研笔记

    高通量测序后的序列fasta文件往往很大,利用EditPlus等打开往往只能打开部分,还有很多会被丢弃掉,导致查询不到。因此,利用python,写了本程序select_fasta(V1.0),可从fasta文档中将特定序列号的fasta序列复制出来,并存储到一个新的到fasta文本中,可以根据序列号批量复制fasta序列。

            小程序存贮在百度网盘:               

                链接:https://pan.baidu.com/s/1YX1DrqKflrtulOSZt2sueA 

                提取码:d2kl

使用说明: 1.  将(1) 含有序列号txt文件"

                          (2) 含有fasta序列的txt文档"

                          (3) 本程序select_fasta.exe

                       放在任一文件夹中,双击后根据提示操作即可。

                  2. 序列号需要存储在txt文件中,每个序列号单独一行。

                  3. 每一行除序列号外,不要有的其它符号。

 

注意事项:

                1. 本程序仅适用于win10以上操作系统。

                2. 结果以fasta格式形式存储在同一个文件夹的txt文件中,请根据提示查看。

致谢:

        1. python 社区(https://www.python.org/)。

        2. Biopython、colorama软件包的开发者、维护团队及资助者。




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