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引物设计小程序1-扩增特定序列的引物设计、酶切位点选择自动完成小程序

已有 2182 次阅读 2021-5-29 19:15 |个人分类:分子生物学|系统分类:科研笔记

           在实验过程中,往往需要将特定片段的序列通过PCR扩增并插入到特定载体中,由于扩增片段的长度是固定的,现有的引物设计程序操作起来比较复杂,因此设计了这个小程序,简化设计流程。

           分为2个版本:v1_2版本需要自己提前分析好插入片段和载体的酶切位点;V3_3_1版本无需自己分析载体和插入序列的酶切位点,此版本是基于我们实验室和生科院部分老师实验室常用的载体基础上。

           

            小程序存贮在百度网盘:               

                     链接:https://pan.baidu.com/s/1krGd-rynKb6nXwKh_0QfOg 

                     提取码:bxd5 


使用说明: 1.将此exe文件放在任一文件夹中,双击后根据提示操作即可。

                 2. 在输入序列的时候,不要将无关的碱基也输入。

                 3. 结果既可以在屏幕查看,也可以在同一文件夹下新生成的docx文件中查看。

     

注意事项:

                1. 本程序仅适用于win10操作系统。

                2. 结果一定要检查一下,看是否有移码和提前终止现象,特别是自己构建的载体。

致谢:

        1. python 社区(https://www.python.org/)。

        2. Biopython、python-docx软件包的开发者、维护团队及资助者。

        3. 特别感谢我求学时所在实验室Clemens Furnes博士后,他将自己在引物设计方面的经验倾囊相授。

        4. 感谢山西大学生科院2020级部分硕士提供常用质粒名称和2019级本科生王同学的协助。



                      










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