网络图绘制是Cytoscape最基础的功能，只要在Cytoscape的菜单栏中导入构建网络所需的3类数据表格，即可完成对网络的构建。

并且Cytoscpe可分别对节点、边、网络进行参数设置，包括颜色、透明度、大小、形状等。

在进行参数设置的时候，我们可以将节点、边统一的进行设置，也可以根据上传网络图数据的类型将数据个性化的赋予给节点与边：例如用网络图节点大小代表物种/基因/功能丰度，节点颜色代表不同的样本组，边的颜色代表相关性类型等等。

Cytoscape中的3种映射方式：Diecreat mapping、Passthrough mapping和“Continuous mapping”可以轻松的完成上述情况的展示。

Cytoscape为我们提供了多种网络图的排布方式，适用于不同类型的数据，以下为同一组数据不同的排布展示：

（applied preferred layout）

（Circuar layout）

（Attribute layout）

（Layout-weighted spring Embedded Layout）

（Compound spring Embedder）

在Cytoscape主界面左侧控制面板中的“Filter”功能可实现对网络数据的过滤和筛选。

还可以对网络图中的某一列数据进行统计分析，并输出散点图、火山图、直方图来协助绘图者进行更细节的可视化分析。

Cytoscap中内含235个插件，可以协助使用者完成更深入的组学数据挖掘。

例如在进行基因富集分析是常用的 Enrichmeng map；进行蛋白质互作分析时使用到的 MCODE、CytoHubba、CytoNCA……

下表总结了在组学研究中常用的几种Cytoscape插件及其功能：