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检查势函数曲线

已有 495 次阅读 2021-8-31 22:17 |个人分类:lammps|系统分类:科研笔记

在做MD模拟时,关键的一步是书写势函数,有时候我们不知道自己写的势函数是否正确,所以我们需要检查一下自己的势函数,当时函数正确时,我们做的模拟才能符合实际情况。在lammps里面有这样一个命令,他可以帮你检查势函数。

pair_write itype jtype N style inner outer file keyword Qi Qj
   itype/jtype := 哪两个原子间的势
   N := 势函数按照什么大小的bin输出(分辨率)
   style : r or rsq or bitmap
       r := 以半径为横坐标
       rsq := 以r平方为横坐标
   inner/outer := 势函数输出的范围 (从 inner 到 cutoff)
   file := 文件名
   keyword : 每一列的名称
   Qi Qj := 可选

通过这个命令 就能把势的曲线输出到文件中, 其中第一行是序号, 第二行半径, 第三行能量, 第四行force。然后做一下图, 看看是不是和自己想的一样。

注意style里有一个bitmap, 这个功能是生成特定格式的势能表. 这个功能和pair_style table是相联系的. 鉴于不是所有人都有能力去修改源代码, 因此lammps自带了一个极为强大的功能, 那就是可以读入一张包括这半径,能量,力的表, 由这张表拟合出一个函数然后做接下来的计算. 这样, 可以轻松用python生成足够多的点, 然后让lammps使用这些点拟合出的函数曲线做接下来的计算.




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