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关于机器阅读者“棍棍”的八卦

已有 448 次阅读 2020-10-27 10:24 |系统分类:科研笔记

二零二零年一月二十七号,我们的机器阅读者(中文名“棍棍”,英文名TWIRLS)把当时已经发表的几乎所有关于冠状病毒的科学文献读了一遍,大概一万四千多篇,棍棍读了四个多小时,然后自己做了笔记。

 

我和第一作者小阳博士花了两个星期解读了棍棍的读书笔记,然后又花了两个星期写文章,二月二十六号我们把解读报告在medRxiv上发布(三月二号发布在bioRxiv网站上)跟大家分享。


medRxiv入口:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.24.20025437v1


bioRxiv入口:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.27.967588v1

 


6.png




之后有一天DDR(Drug Development Research)的主编来信跟我们说,如果我们能找到真实的临床信息验证棍棍的发现,那么他就鼓励我们投稿。我们当然很高兴,也很感激这个机会。

 

刚好我们一直跟重庆的西南医院感染科邓教授有合作,邓教授看了结果二话没说就开始进行临床研究。疫情之下,教授效率奇高,很快我们就得到了数据反馈:果然ARB类药物(Angiotensin II receptor blockers)很可能可以减轻新冠患者的病情。文章最近已经见刊,如下链接入口:


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ddr.21717


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因此棍棍的英文名Twirls也开始被慢慢传出去了。


棍棍总结出的结论不仅被我们的合作者证明,同时也被其他医院的独立研究证明。但是国内临床上并没有展开ARB类药物相关治疗和临床试验。这个原因很简单,国内已经没有患者可以被治疗了,也更没有多到可以进行统计的患者来入组临床试验研究了。


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入院前服用ARB药物的高血压病史新冠肺炎患者的血液指标与轻症患者接近,而服用非ARB药物的高血压病史患者入院后血液指标与重症患者更相似。


ARB类药物是治疗高血压的常用药,例如氯沙坦钾片,价格很便宜,高血压患者服用这个药一天也就花一两块钱。所以,如果下一波疫情来了我们也不怕,因为如果有药物可以将病情控制在轻症水平,不用呼吸机也不用人工肺,而且治疗费用超低,那我们慌啥?当然,也因为疫情在国内被控制的过于“神速”,所以如果ARB类药物在临床上大规模使用,到底能多大程度上以及在什么人群中可以将病毒感染后造成的损失控制的最好,还需要时间来继续证明,但是至少给了我们继续战斗下去的勇气。

 

棍棍目前只能读懂生命科学和医学相关文献,尤其是与基因研究有关的内容。因为这是整个生物医学领域最关注的核心问题:


临床上的问题如何从现代分子生物学中找到解释呢?


所以棍棍做的事就有以下几步:

 

挖掘挖掘挖掘

1. 挖掘文献中的相关基因;

2. 挖掘文献中与主题最相关的词,专业术语也就是“实体”;

3. 基因与实体之间远近亲疏的关系排名;

4. 为实体做分类(分类是指与主题相关的子话题),并且找出与类别最相关的基因;

 

例如分到第四类C4的实体,都是跟香港大学之前SARS研究工作相关的。


 

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推理推理推理

1. 从文献报道基因出发找更多可能参与主题相关过程的“新”基因;

2. 将这些基因定位在实体类别上;

 

比如第四类C4的相关基因如下,懂的人自然懂哈

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3. 推断不同实体类别可能参与的信号通路;

4. 为主题相关过程确定signature gene,为下一步搭建功能模型做准备;

5. 鉴定出实体类别之间的关联,作出分层控制回路图;

6. 为每个基因构建实体词云,更直观的表现基因在当前条件下所涉及的场景、生物学机制、临床表型和疾病等信息。

 

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同一个基因ACE2在不同文献中关联的实体有很大差异


在中科院计算技术研究所前同学翟博士的帮助下,最近棍棍的分析能力又提高了,差不多每分析一万篇文献需要两小时,基本上可以做到立等可取了,棍棍给出的读书笔记大概有将近二十张表格,包含了与输入主题最相关的各种细节。这些表格就是你感兴趣的那个领域里的知识结晶,Detailed landscape of your interested knowledge,信息的分布和密度就像Olivia Kemp的作品那样。

 

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By Olivia Kemp

 

我们还没有帮棍棍建网站,因为按照目前我们的算力,还不能为所有人提供他们感兴趣话题的实时反馈结果。不过你有兴趣的话,可以发email给棍棍的姐姐

 

小阳博士,xy.ji@philrivers.com

 

小阳博士会按照自己的忙碌程度来分时回复,虽然不能保证实时,但是绝对有问必答😄。


你可以按照以下格式联系小阳博士

  1. 我感兴趣的话题是:比如是ADE,关键词

  2. 例如关键词是:ADE或antibody-dependent enhancement

  3. 特定感兴趣的问题是什么?比如ADE都在其他什么疾病里也有发现?

  4. 能帮助小阳博士快速理解的其他一切信息。

  5. 你的工作单位,联系方式?

  6. 使用棍棍分析结果的目的是学术的还是商业的?


重要提示

棍棍的姐姐小阳博士不加微信,不加微信不加微信!

(除非她自己想加)



如果你想要了解更多关于棍棍在新冠上的详细介绍,可以看下面的报道:


“纸上谈兵”找到新冠病毒“密钥”?

https://mp.weixin.qq.com/s/hW4Ym3jThGa3ZA3Y4yp-uA

 

“计算医学”发现药物标志物,交叉团队组网药物 “北斗系统”

https://mp.weixin.qq.com/s/RgWWgdYE_FBAuQf3Tatiuw

 

关于我做的新冠相关的采访见下面链接:

大数据与区块链如何在新冠肺炎战“疫”中发挥作用?

https://mp.weixin.qq.com/s/cmkSxSMgY0siVK8JOpVQKQ

 




http://blog.sciencenet.cn/blog-3436422-1255929.html

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