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如何有效呈现数据?| 以《自然-免疫学》文稿中的常见问题为例

已有 917 次阅读 2021-9-20 12:21 |个人分类:论文写作|系统分类:科研笔记

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既注重内容又关注格式,将使科学更具传播力度

对科研写作来说格式有多重要?有人可能会说,这取决于你在哪儿看到它。但是我们所有人都曾读到过写得很糟糕的已发表论文,这些论文大多在观点表达上不太成功。

格式的艺术在于以文字或图片呈现观点时能够做到清晰、简洁且统一。“好”格式的目的在于易解读性——即把传递想法所需的机制减至最少。为服务《自然-免疫学》的读者,编辑们希望借此机会来阐述本刊的格式要求。

本文将展示一些编辑在收到的文稿中常碰到的问题案例,它们会导致文章不够精确和明晰。有些常见问题很明显,另一些则不然,但它们都会降低论文的说服力,并妨碍高质量数据的有效交流。

《自然-免疫学》的格式要求并非是随意制定的。相反,制定这些要求的目的正是为了减少随意性。我们以其他多家出版社的格式要求为蓝本,这些格式均基于《芝加哥格式手册》(目前为第 15 版)等经典入门文献中历久弥新的成文性要求。

此外,由于科研手稿主要展示定量信息,因此我们也采用了诸如《定量信息的视觉化展示》(The Visual Display of Quantitative Information,作者为E.R. Tufte)等研究中的公认标准。

毫无疑问,这些在文章格式和清晰度上的指导性意见事实上减少了出版中的随意性与潜在混乱,并代之以凝练、清晰和统一。我们强烈要求作者们在准备稿件时参考上述信息以及我们自己制定的指南。(http://www.nature.com/ni/authors/submit/index.html

除了上述这些成文性格式标准以外,在撰写科研手稿时还应考虑其他一些更为特殊的细节。例如,在科研手稿中呈现新数据时都应使用过去时态,而非现在时态。这有助于将文中既往已发表的内容与有待读者评估的新数据区分开来。

在“结果”章节中,我们使用主动语态来描述实验过程被动语态应用于报告实验结果本身。在报道实验结果时使用被动语态之所以更合适,是因为这强调手稿中的重要“角色”,即生物学。任何情况下,报告数据时所用的时态都应为过去时态,无论是we injected the mice with antigen还是there was an increase in proinflammatory cytokines

除了时态,科研手稿中另一个常见错误是利用“辅助词”来营造某种情感基调,或掩饰后文的含义。例如,“非常(remarkably)”“有趣地(interestingly)”“惊人地(surprisingly)”及类似副词十分常见,旨在表达突出强调,但其实际作用是劝说(而“劝说”本不应出现在科研手稿中),而非传递信息。其实如果数据确实非同寻常,读者并不需要受什么劝说。

其他错误用法包括:将“水平”(level,一个描述空间位置而非数量的术语)一词用于描述“丰度(abundance)”“浓度(concentration)”“频率(frequency)”或“数量(amount)”;将“显著的”(significant,应该仅用于描述“统计显著性”并同时声明统计量)一词用来表示“大量的(substantial)”或“重要的(considerable)”。

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另外一个相关的问题也是出于劝说目的:夸大数据重要性,例如用“我们是第一个证明…”或“这个非常新颖的结果”等话语声明“首创性”。还是那句话,如果数据真的很新颖,读者并不需要经人劝说来形成这样的想法

一些作者容易在“讨论”章节中随意地重申研究结果,这类错误通常是作者为了强调某些要点而犯下的。然而,有用的“讨论”并不是对研究结果的简单重复描述,而是将研究结果置于适当的上下文背景中,从而使其重要性和相关性可以得到有效的评估。这通常需要对新数据和已知数据这两者进行综合分析。

“类别错误”的最常见形式,是无意中将生物学过程描述为具有人类品质。这种“拟人化”的错例常见于围绕各类细胞谱系发育所展开的论述中:例如细胞被描述为“决定”成为一种或另一种类型的细胞。在科学研究中,这是一个非常严重的错误,因为细胞并不会做任何“决定”;只有人才会做决定。而细胞只是对刺激做出反应。事实上,使用拟人化语言来描述细胞谱系命运会导致严重的后果,包括将基于固有的随机梯度或阈值、并因此呈概率性发生的过程,错误地归因于理性。

一些提交上来的手稿中充斥着“行话”,或者不那么确切地说,“实验记录本”式的描述。作者未能考虑到更广泛的免疫学界读者,这会造成问题。有时候是使用了缩写,误以为它们众所周知。其他问题包括在描述基因时使用非标准命名,以及混淆蛋白质命名与相应基因命名。命名问题也会出现在小鼠和大鼠品系的命名中,它们都有独特的官方名称,可在杰克逊实验室的网站 (http://www.informatics.jax.org ) 上查询到。

最后一点,也可能是最重要的一点,图表中所呈现的定量信息应尽可能整洁。人们不习惯绘制没填满的图表,因为有时作者可能会被“多多益善”的思想所影响,但实际上“少即是多”可能会产生更好的效果。因此,在图表中最好避免使用不必要的线条、字母、样式、颜色、细节、阴影、图案等。

这篇关于格式的入门短文,肯定无法穷尽那些妨碍高质量数据呈现的问题。通过关注文章的格式和清晰度,我们不但致力于发表免疫学领域最好的论文,而且希望能推出可以向广大读者有效传递复杂思想的论文。既注重内容又关注格式,将使科学更具传播力度。

原文以Good data need good writing为标题发表在2005年第6卷第11期的《自然-免疫学》社论上

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