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如何写出一篇优秀的文献综述?|《自然》专访

已有 777 次阅读 2021-1-21 16:00 |个人分类:论文写作|系统分类:论文交流

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《自然》采访了一些写作老手和新手,了解他们如何让自己的综述不同凡响。

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来源:Getty

文献综述是科学家的重要资源,既展示了一个领域的历史背景,又对其未来的发展方向提出了意见。撰写文献综述可以为自己的研究提供灵感,还能练习写作。但是,很少有科学家接受过如何撰写综述的培训也没学过什么才是优秀的综述。即使是选择合适的辅助软件也不容易(见“工具和技术”)。为此,《自然》向编辑和在职科学家请教了他们的综述写作技巧。

突出重点,避免术语
「 新加坡南洋理工大学化学与生物医学工程助理教授 」

当我还是一名研究生时,写综述能提升我对本领域历史的理解。我还能了解到领域内有哪些尚未解决的问题给我灵感

例如,我在博士期间写的第一篇综述1是关于细胞如何积极感知药物递送用的纳米粒子,与之互作、并适应它们的。我当时感到很沮丧,因为我发现我们对此的了解非常有限。正是因为那一次的经历,我开始研究如何修改纳米粒子的表面特性才能增强生物传感。当我转入博士后研究时,这个问题带我发现了细胞-膜曲率的作用,并在这方面发表了论文,这也是我目前的研究重点。如果没有写那篇综述我就不会开始这个领域的研究

学生在写第一篇综述时的一个通病是好高骛远。我在写第一篇综述时,想象着要对生物应用中使用的每一种纳米材料进行全面总结,结果得到了一份“鸿篇巨著”——讨论的论文太多,但却没有将它们很好地分类。我们最终发表了这篇综述,但决定将讨论范围严格限制在生物传感纳米粒子上,而不是涵盖不同纳米材料在生物学中的应用。

我对学生的建议是接受一个事实:综述不同于教科书,综述应该提供更有针对性的讨论,可以跳过一些话题,以免分散读者的注意力。学生还应该牢记编辑截止日期,尤其是受邀撰写的综述:确保综述的范围不要太广以免拖延

一篇好的综述还应该避免术语要为不熟悉该领域的人解释基本概念。虽然我是科班出身的工程师,但我对生物学很感兴趣,我的研究是关于开发纳米材料来操纵细胞膜上的蛋白质,以及这会如何影响衰老和癌症。作为这些生物学主题的一个“局外人”,对我最有用的综述是用明白易懂的科学语言写的综述。

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田博之:享受过程,形成自己的风格
「 芝加哥大学化学副教授 」

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田博之喜欢在一篇综述中融合不同的观点。来源:Aleksander Prominski。

在我的课题组,我们首先会问:这篇综述的目的是什么?我写综述的原因包括能为科学界贡献见解,以及为我的研究寻找机会。我认为撰写综述也是培养初级研究人员项目管理和领导力等软技能的一种方式。对于第一作者来说,这一点尤为重要,因为他们将学会如何与共同作者合作,将各部分内容整合成一篇过渡平顺、没有重叠的文章。

在我们确定了一篇综述文章的需求和目的后,我会让课题组的几名研究人员组成一个团队。我尽量让具有不同专业背景的学生参与进来,因为这有助于整合不同的视角。例如,在综述“An Atlas of nano-enabled neural interfaces”2中,我们有生物物理学、神经工程学、神经生物学和材料科学背景的作者一起完成,每个人分别负责综述的某一部分。

之后,我会和我的学生讨论一个大纲。通过反复讨论,确保我们已经充分查看了文献,并且不重复其他综述中出现过的讨论。还有一点也很重要,大纲并不是由我一个人决定的:学生们往往有新鲜的想法,他们可以把这些想法说出来。做完这些后,我们就开始动笔了。

我经常提醒我的学生把自己想象成“科学的艺术家”,鼓励他们拓展自己撰写和展示信息的方式。添加文字并不总是最好的方式,我就喜欢用表格来总结研究进展并提出未来的研究方向。我也考虑过在我们的综述论文中加入短视频,把重点突出展示。我认为这可以扩大读者群和可及性,因为这些视频便于在社交媒体上分享。

ANKITA ANIRBAN:时效性和图表的大作用
《自然综述:物理学》编辑 」

作为一名期刊编辑,我的工作包括评估综述的选题。最好的选题是及时的,并且能清楚解释为什么读者应该关注这个选题

一篇综述仅仅对最新文献进行总结是不够的:最有趣的综述往往能讨论本领域的分歧所在

科学家经常围绕图表来撰写他们的原创论文——但在综述中,图表往往处于次要地位。在我看来,综述中的图表比大多数人想象得更为重要。我最喜欢的一篇综述式文章3有一张图,图中将多篇论文(其中许多论文相互矛盾)的数据汇集在一起。然后用它来确定大的趋势,并提出可以解释所有不同结论的潜在机制。

综述文章的一个重要作用是向研究人员介绍一个领域。为此,示意性的图表可以用来说明文中讨论的科学问题,就像演讲的第一张幻灯片一样。这就是为什么在《自然综述》,我们有内部的插图师来协助作者。但是,简洁才是关键所在,即使没有专业插图师的帮忙,研究人员仍然可以利用许多免费的绘图工具来提高他们综述图表的价值。

YOOJIN CHOI:与时俱进,虚心听取建议
「 韩国科学技术院研究助理教授 」

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Yoojin Choi建议研究人员在撰写综述时要善于接受批评。来源:Yoojin Choi

我的第一篇综述是2018年读博时写的“Biosynthesis of inorganic nanomaterials using microbial cells and bacteriophages”4。我的初稿写了一年,因为我同时还要做博士研究,在导师的帮助下,我基本靠自己写完了这篇综述。后来又花了一年时间走完了同行评议、修改和发表的流程。在此期间,领域里又发表了许多新的论文,甚至有一些竞争性综述。为了提供最新的原创综述,我必须紧跟文献前沿。为此,我让Google Scholar根据关键词每天向我发送相关文献的更新。

在撰写综述的过程中,我也学会了更加开放地接受批评,不仅能提升我的作品的价值,还能增加读者量。最初,我的综述只集中在利用细菌等微生物细胞生产纳米材料上,这也是我的博士研究课题。像这样的细菌被称为生物工厂,也就是能生产生物材料的生物体,这些生物体改性后能生产出有用的材料,如用于药物递送的磁性纳米粒子。

然而,当我收到第一份同行评议报告后,三位审稿人都建议将综述范围扩大到另一种生物工厂:噬菌体。噬菌体基本上就是感染细菌的病毒,它们也能生产纳米材料。

审稿意见让我最后增加了对各种生物工厂(噬菌体、细菌、真菌和微藻)的差异和优缺点的讨论。事实证明这是一个很好的补充,因为它使综述更加全面。

写综述的时候,我产生了一个想法,就是利用纳米材料改性的微生物来生产化学品,我现在依然在研究这一点。

PAULA MARTIN-GONZALEZ:善用技术
「 英国剑桥大学博士生 」

就在新冠疫情导致的封城前,我和我的博士生导师决定写一篇文献综述,讨论通过医学影像与基因组学的结合,来改善卵巢癌的管理。

我在查资料时注意到一个趋势,本领域的许多论文总是引用一些论文。我很清楚,这些论文一定非常重要,但作为综合癌症生物学领域的新成员,我很难立即找到并阅读所有这些“开创性的论文”。

这时,我决定编写一个小应用程序让我的文献研究更有效率。通过我的代码,用户可以输入一个查询,比如“卵巢癌、计算机断层扫描、放射组学”,应用程序就会搜索PubMed等数据库中所有包含这些关键词的相关文献。

随后,该代码会识别相关论文,并创建一个引用图,列出搜索结果中引用的所有参考文献。该软件会突出显示与搜索中的其他论文有许多引用关系的论文,这些论文也能被称为开创性论文。

我的代码极大地改善了我整理论文的方式并让我对本领域的关键著作和发现一目了然——没有这些代码,我将需要花费更多的时间和精力。我在GitHub上公开了这些代码,但别人反馈说,对于不擅长编码的研究人员来说,这有点令人望而却步。

因此,我希望能以网页的形式构建一个更加友好的界面,类似于PubMed或Google Scholar,用户只需输入查询即可生成引文图。

工具和技术

市面上大多数参考文献管理器在提供Microsoft Word插件和制作不同的引用样式方面都差不多。但你可以根据你的工作偏好选择更合适的。

▲ 参考文献管理器

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点击查看大图

以下是对流行的协同写作工具的比较,但还有其他选择,包括Fidus Writer、Manuscript.io、Authorea和Stencila。

▲ 协同写作工具

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点击查看大图

*Markdown和LaTex是经常编写代码的物理学家、数学家和计算机科学家喜欢的基于代码的格式化语言,但在生物和化学等其他学科中反响一般。

原文以How to write a superb literature review为标题发表在2020年12月4日的《自然》职业特写上。
原文作者:Andy Tay

参考文献

  1. Hsing, I.-M., Xu, Y. & Zhao, W. Electroanalysis 19, 755–768 (2007).

  2. Ledesma, H. A. et al. Nature Nanotechnol. 14, 645–657 (2019).

  3. Brahlek, M., Koirala, N., Bansal, N. & Oh, S. Solid State Commun. 215–216, 54–62 (2015).

  4. Choi, Y. & Lee, S. Y. Nature Rev. Chem. https://doi.org/10.1038/s41570-020-00221-w (2020)

© nature


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