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德国马克斯普朗克研究所Juan M. Vaquerizas小组开发出染色质接触数据定量比较和自动特征提取的新方法。
这一研究成果于2020年10月19日在线发表在《自然—遗传学》上。
研究人员报道了CHESS(Comparison of Hi-C Experiments using Structural Similarity)技术,这是用于比较染色质接触图和自动差分特征提取的算法。
研究人员证明了CHESS对实验变异性的鲁棒性,并展示了其在(1)人和小鼠模型中同义区域的种间比较中的生物学应用;(2)种内鉴定Zelda敲除果蝇胚胎的构象变化;(3)弥漫性大B细胞淋巴瘤样本中患者特异性异常染色质构象;(4)系统地识别高分辨率Capture-C数据中的染色质接触差异。
总之,CHESS是一种用于染色质接触数据变化比较和分类的高效计算方法。
据介绍,染色质三维(3D)组织的动态变化与诸如转录、复制和发育等核心生物学过程有关。因此,对这些变化的全面鉴定和量化对于理解进化和调控机制至关重要。
相关论文信息:
https://doi.org/10.1038/s41588-020-00712-y
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