JZXBK的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/JZXBK

博文

R绘制 序列分析图

已有 411 次阅读 2019-9-27 20:57 |系统分类:科研笔记

  本文主要参考了微信公众号“生信宝典”的文章,链接为https://mp.weixin.qq.com/s/I9YboydSHsuVs6hDJSy0vg

首先是数据的准备,你获得一条条的DNA序列,将这些DNA序列放入到excel表中,另存为csv文件,然后读入到R中,数据格式如下:

image.png

#需要安装和载入“ggseqlogo”包

install.packages("ggseqlogo")

library(ggseqlogo)

#读取文件"gene_sequence.csv"

gene_sequence=read.csv('gene_sequence.csv',row.names=1)

#将读取的csv文件的gene这一列提取出来,并将其转换为矢量数据

gene_vector=as.vector(gene_sequence$gene)

#出图

ggseqlogo(gene_vector)

这样就获得如下的序列分析图

image.png



http://blog.sciencenet.cn/blog-3419243-1199756.html

上一篇:R语言设置工作目录
下一篇:linux操作系统下生成一段随机的DNA序列

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-12-6 10:24

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部