张金龙老师的 R plantlist packages 推荐用count_taxa()统计科属数目，用的是植物的中文学名，如果中文学名全部是正名，那么成功率是极高的。这里有一个问题，我们经常拿到的样本数据中，植物的拉丁学名已经是到plantlist网站<http://www.theplantlist.org>核对过的，也就是有一列已经全部是整理好的拉丁学名了， 这个时候完全可以利用这个列向量进行直接统计的。我偶而看到有学生，虽然有了物种清单了，却还是专门用植物中文名进行属、科、目的统计。中文名很容易出错的，直接用拉丁学名，省事。代码如下：

if(!require(devtools)) install.packages("devtools")

devtools::install_github("helixcn/plantlist")

library(plantlist) 

# 读入大样地数据

xueming <- read.csv("E:/guiides/species.csv",header = T)

# 把数据中是拉丁学名的一行或者一列，提取出来

species_names<-xueming$scientific.name 

# 统计物种数量

species_number <- length(unique(species_names))

# 依据上面的拉丁学名，函数TPL()查询目、科、属、以及科的编号

taxa_genus_family <- TPL(species_names)

# 统计所有物种所在的属数

genus_number <- length(unique(taxa_genus_family$POSSIBLE_GENUS))

# 统计所有物种所在的科数

family_number <- length(unique(taxa_genus_family$FAMILY))

# 统计所有物种所在的目数

order_number <- length(unique(taxa_genus_family$ORDER))