如何选择合适的建树方法（常用构树方法的比较）

建树需要根据自己的研究内容选择合适的建树方法。

一般，如果有合适的分子进化模型，选择ML法获得的结果较好；对于近缘物种序列，通常用ML法；对于远缘物种序列，一般使用NJ或ML法；对于相似度很低的序列，NJ法往往会出现LBA（long-branch attraction，长枝吸引）现象，有时会严重干扰进化树的构建。

构树准确性：贝叶斯>ML>MP。（序列相似性高建树结果都较好，差别不大）。

模型选择：蛋白序列一般选择Poisson correction；核酸序列一般选择kimura 2-parameter模型；

重建进化树均需设置bootstrap，需要大于70，文献中一般为1000。（值高结果较可靠）

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