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【工具篇之三】Scaffold 软件中Sample View功能小试牛刀

已有 507 次阅读 2019-4-16 21:40 |个人分类:蛋白质组学生信软件|系统分类:科研笔记

样本视窗(Sample View)


样本视窗主要包括下面4个主要功能:



  • 样本蛋白表格,蛋白鉴定实验结果的全局展示

  • 过滤样本功能,可以通过一些方法增加或者减少表格中蛋白展示数目

  • 展示窗口,提供选项可大致分析表达差异,或者根据不同修饰进行筛选过滤

  • 信息窗口,展示GO或者样本详细信息。

 



样本表格详情介绍


样本表提供蛋白组和蛋白簇的清单,并且可以提供不同样本之间的定量和定性信息。

在蛋白组样本表格清单中,所展示的每一列都是生物样本和质谱样本不同的蛋白信息,前面7列分别是提供蛋白组的基本信息和所鉴定的蛋白例如,名称,登录号,分子量,标记的感兴趣蛋白,选择隐藏的蛋白和蛋白组模糊检查。当样本窗口第一次打开,所有的蛋白组所显示默认阈值筛选的蛋白。


使用者可以根据两种不同的分类方法查看蛋白表格:



  • 生物样本视窗,可以根据用户的给定的生物学样本不同组数进行展示



  • 质谱样本视窗,可以根据样本所有鉴定的蛋白进行展示




图2

 如图2所示可以通过工具栏上的Bio和MS进行切换不同的展示方法


 

1.生物样本窗口

此种展示方法将所有质谱所检测的样本以生物学角度进行分组,是概括了整体的大致结果,每一个生物样本都是单独的一列,通过不同的名称进行分组。



图3

2. 质谱样本窗口

当这个窗口被选择后,样本表格每一栏是所检测的单个质谱样本,这个一般用在分析同意样本的不同胶块。

Scaffold所显示表中的每一列都是蛋白组信息,并且在质谱检测到。用户可以通过筛选栏中的阈值范围展示可信度较低的蛋白信息。



图4

3.质谱样本和生物样本展示区别

生物样本窗对于医生,医学研究者或者生物学家研究血液样本或者生物体的组织样本比较合适,然而通过使用2D或者液相研究蛋白和肽段的,或者凝胶条带、液相组分等比较适合使用质谱窗口查看这些蛋白。

因此可以这么说,就是一个生物样本窗口中的数据由若干质谱样本数据组成。


4.蛋白列表

为简便的查看所鉴定的蛋白,Scaffold通过用两种不同的水平对蛋白表格进行聚类:


蛋白组----具有同样或同样聚类算法肽段的一组蛋白质


在蛋白列表中,蛋白组通常是收缩隐藏起来的,列表中通常显示的是可信度和谱图最为匹配的蛋白。当蛋白的accession登录号点击后后出现下来菜单,从菜单中使用者可以选择不同的蛋白代表此蛋白组,如图6-5的A中。当然也可以去Apply ProteinAnnotation Preference去选择可以代替的蛋白。在蛋白信息窗口中也可以看到相对应的蛋白信息按钮,点击对应的按钮可使用户进一步获取详细信息。

 


图4:A:蛋白组下拉栏B:蛋白组的常规显示 C:可选的基因ID号 D:可选的蛋白信息网站 E:在所选网站进一步查看蛋白信息F:在所选网站进一步查看基因ID信息

 

 


5.可信度图示

用户上传数据大致上通过下列几个打分系统进行评价:


  • PeptideProphet 打分机制-这个打分算法采用搜索分数的排列以及肽段的特性。


  • LFDR-为准的打分机制-这个是以贝叶斯定律为基础的打分算法标准,通常此方法对于QExactive或者其他高分辨的质谱的数据有效果。


  • 如果已经对数据进行的预过滤,那么后面进行的筛选是没有作用的。


蛋白可信度数值在样本表格中并从展示选项下拉栏中进行选择,蛋白鉴定的可信度不同那么对应标记的颜色不尽相同,在表格最上方有对应蛋白可信度的图示。



6. 分类特点

当样本的数据首次用软件打开时,表格中所展示的蛋白最初按照50%的可信度进行筛选排列,如果所鉴定蛋白具有相同的可信度,这个蛋白则按照首字母排序,用户可以点击进行筛选,且有三种不同的筛选状态,比如可以点击分子量表头依据此升序筛选,然后二次点击变为降序,第三次点击就回复初始状态。


7.目标蛋白

用户可以通过用前面的星号对蛋白进行特殊标记,有两种不同的星星标记,蓝色和橘色,或者同时选择,这样排列组合起来一共有3种标记方法,可以把被标记的蛋白排序到表格最上面。



图6

8.隐藏部分蛋白

如果用户在蛋白列表中有用户不感兴趣的蛋白,例如污染物被显示出来,用户可以从视图中移除这些蛋白质。例如,要从视图中删除胰蛋白酶的肽段,用户可以搜索所有包含胰蛋白酶字眼的信息,然后通过搜索参数设置将其相关的蛋白全部去除。只有那些不包含胰蛋白酶的蛋白名称才能显示出来。

 


9.蛋白组不唯一性

在样本视图中,在Protein Grouping Ambiguity一栏有星号表示的此蛋白这一栏的蛋白与一个或者多个其他蛋白组相互关联,这些蛋白质有一些共同的肽段,但是不是全部的肽段。这条标记功能可以使用户在值得研究的蛋白质组中查看共享肽段。当软件加载数据时候,此处的星星会被标记为红色,当星星变为绿色作为提醒用户已经分析了特定蛋白质的相似性肽段。双击红色的星星标记,将打开所选蛋白的相似性视图。


原文链接


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