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python code LAMMPS轨迹文件格式转化

已有 615 次阅读 2019-6-24 18:59 |个人分类:Pyhton|系统分类:科研笔记

代码的目的是为了把xxx.lammps文件中的速度进行变换

提高:使用列表中元素的数目来对特征行进行匹配

#!/usr/bin/python
# -*- coding: UTF-8 -*-
#by Zhiqiang-Zhao in NUAA  
#Email:ZhiqiangZhao@nuaa.edu.cn
#import module !
import os
import fileinput as fi
import numpy as np
#specify input and outputfile !
in_file= '0.2.2pt.lammps'  
out1_file='0.2.2pt.lammps.out'
#specify particular headline
h_1='ITEM:'
#read file !
file=fi.input(in_file,inplace=False,bufsize=1000)
data=open(out1_file,'w')
with file as f1,data as da:
    for line in f1:
        line=line.split()        
        if h_1 in line:
            da.writelines(str(x+' ') for x in line)
            da.writelines('\n')
        elif len(line)==1:  
            da.writelines(str(x+' ') for x in line)
            da.writelines('\n')
        elif len(line)==2:
            da.writelines(str(x+' ') for x in line)
            da.writelines('\n')
        else:
            vx=float(line[5])*0.001
            vy=float(line[6])*0.001
            vz=float(line[7])*0.001
            da.writelines(str(x+' ') for x in line[0:5])
            da.writelines(str(vx)+' '+str(vy)+' '+str(vz)+'\n')

2pt.py



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