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Ubuntu中phonopy的安装及声子谱的计算

已有 6498 次阅读 2018-10-1 10:34 |个人分类:VASP|系统分类:科研笔记

 由于集群上phonopy对声子谱的计算数据进行后处理出现了问题,所以我在自己的笔记本上安装虚拟机进行数据的后处理;


  1. VMware14.0安装

      链接:https://mp.weixin.qq.com/s/Rdj5AA7aVOzFDMnXeousWg

   2. Vmware中安装Ubuntu18. 04.1,通过清华大学开源软件镜像站下载ubuntu

 链接:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

image.png

       也可以通过Ubuntu官网下载:https://www.ubuntu.com/download/desktop

       VMware下安装Ubuntu参考《Linux就该这么学》和https://www.cnblogs.com/la-fe/p/7835252.html

  3. Ubuntu下安装phonopy

      phonopy主要由pyhton开发,其中的找晶体空间群功能是由C语言实现, 在安装phonopy时需要安装一        以下他所依赖的包:

      numpy,numpy-dev,matplotlib,python-lxml,python-yaml

      在Ubuntu中我们可以直接使用命令行(不需要提前下载软件包),通过镜像资源站下载相应的软件进行安       装,linux ubuntu 下 phonopy 的安装步骤 :    

        首先安装:

        sudo apt-get install python

        sudo apt-get install python-dev

        sudo apt-get install gcc   #安装c语言编译包

        sudo apt-get install python-numpy
        sudo apt-get install python-matplotlib
        sudo apt-get install python-lxml
        sudo apt-get install python-yaml

        安装完pyhton的依赖包后,我们需要从网上下载phonopy的源码压缩包,下载完phonopy后对phonopy进          行解压, 解压命令为: tar -zxvf   xxx.tar.gz

       (phonopy 下载地址https://sourceforge.net/projects/phonopy/ 版本自选)
         进入解压后的目录,然后在终端输入下列安装命令:

         pyhton setup.py install ( 如果提示权限不足就使用:sudo python setup.py install ),即可安装完毕,在终             端输入phonopy即可看见phonopy的大写了!

   4.   我们在Ubuntu下使用sudo apt-get install  xxx来安装软件时,有时候无法自动从网上下载相应的软件包,原因是系统的镜像源不适合自己系统的版本,我们需要修改系统的镜像源,具体操作如下:

        参考文章:https://blog.csdn.net/weixin_41762173/article/details/79480832

        清华大学开源软件镜像站:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/(在里面选择自己的Ubuntu版本)

        记得更新完镜像后,一定要在Ubuntu终端中更新镜像源:sudo apt-get update  更新源

   5. 使用phonopy和VASP计算体系的声子谱

       两种方法:1).有限位移法    2).DFPT

       具体方法请参考:     

  http://blog.sina.com.cn/s/blog_17589e0920102xhp6.html
        
  http://blog.sciencenet.cn/blog-749450-754518.html
        
  https://www.jianshu.com/p/137027c1129a
  
  DFPT方法精华:https://www.vzan.cc/t/d-9809829?typeId=275508

  有限位移法前处理和后处理的命令:

        phonopy  -d  --dim="n m k"

        phonopy  -f  vasprun.xml-{001..192}

        phonopy  -p  band.conf

        bandplot  -o  name.png 

Phonopy-计算声子谱.pdf



   6.  将window系统中的文件直接拖动到通过VMware下的linux系统中

        参考:https://jingyan.baidu.com/article/215817f7a1f8fb1eda1423fa.html




https://blog.sciencenet.cn/blog-3388193-1138186.html

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