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怎样快速而准确地阅读科学论文(4)——结果(1) 精选

已有 6257 次阅读 2018-7-12 12:28 |系统分类:教学心得| 论文阅读;结果部分;

 

怎样快速而准确地阅读科学论文(4)——结果阅读(1)

 

吴崇明 中国医学科学院药用植物研究所 chomingwu@163.com

 

接上文。阅读论文最核心的是阅读和理解论文提供的实验结果。这基本上没有什么技巧可讲,只要读懂了英文含义和实验内容,实验结果部分也就搞清楚了。除了对于初学者,时长会由于分不清结果的主次,眉毛胡子一把抓而忘记了看清整片森林之外,对于高年级学生和有些研究经验的人而言,论文的结果部分或许是很容易理解的。

但是需要指出,理解了并不代表是读懂了,我们阅读论文的目的并不仅仅是看热闹,仅仅是为了浏览别人都做了哪些工作、得到了哪些结果而已,更重要的是,要理解作者进行研究的方法学和叙述故事的逻辑。学生学习是仰望老师,同行学习是与对方对坐辩论,而高手学习是站在高处进行俯视评判并向远方前瞻。这固然有个人经验和能力的差异,但无论是学生、同行还是高手,都应该具备思辨的思想,从思辨地角度看待问题,就让自己跳出了故事讲述人划定的范围,从圈子外面纵观全局,依靠自己的判断进行阅读,而不是被作者牵着鼻子走。

讲思辨,首先要理解论文结果部分是用来做什么的。总体上讲,论文的结果部分是整篇论文的实际基础。作者需要用实验结果推导和支撑自己的主要论点。审稿人需要通过对实验结果进行判读,评价作者的证据是否充分、推导是否合理、结论是否正确、严谨和可信。而读者一方面要充当审阅人的角色,通过结果判读作者的结论是否可信,结果是否可以被自己所采纳;另一方面也充当学习者的角色,领会作者设计实验和讲述故事的独到之处,借鉴其解决问题的方法和技巧;同时还可能是作者工作的竞争者,发现论文设计的疏漏和可供挖掘之处,从而赶在作者前面完成并发表自己在相同问题领域的新发现。

该如何做到思辨?不同的人有不同的理解和回答。在这里我只介绍我个人的一些粗浅理解。我想,首先我们要学会从全局着眼进行阅读。新学者阅读总是会纠结于全文的细节,非要逐段地读懂每一句话、每一个词语、每一个细节,否则就不敢继续往后阅读,生怕自己错过了什么重要的信息。结果阅读速度很慢,读得很累,但是读完之后却根本不知道作者到底在讲一个怎样的故事。因此,我建议初学者养成分步阅读的习惯。先通读结果部分的每一个子标题的含义,理解每个子结果的内部逻辑联系,从而掌握作者的结果呈现顺序和意图,抓住作者的写作和思考逻辑。

给一个论文范例。2018626日,PNAS上发表了北京大学研究团队的一篇论文,题目是《Chemoproteomics Reveals Baicalin Activates Hepatic CPT1 to Ameliorate Diet-induced Obesity and Hepatic Steatosis》,讲述了利用定量化学蛋白质组学方法鉴定天然产物Baicalin降脂减肥的体内作用靶点的故事。这是我非常推崇的一篇研究报道,采用了大量的研究手段,提供了非常详实的研究数据,讲述了一个非常完整的药理学故事。各位有兴趣,可以下载该全文进行研读,相信一定会有不少收获。我先前曾写了一篇博文,讲述自己的阅读感受,有兴趣的话,可以参考阅读。《如何发现药物分子的体内作用靶点?化学定量蛋白质组学来帮忙》http://blog.sciencenet.cn/blog-3384137-1118746.html

由于该论文采用的实验手段多样,实验结果丰富,每一个小实验结论都用多个不同角度的数据进行论证,所以逐字逐句阅读会是一个很痛苦和boring的过程。我们先阅读结果部分的小标题:

1.      Baicalin Can Lower the Lipid Accumulation in High-Fat–Treated Cells. Baicalin能够在细胞内降脂)

2.      Target Profiling of Baicalin by SILAC-ABPP. (利用SILAC-ABPP技术寻找Baicalin的靶标谱)

3.      Baicalin Targets Key Enzymes in Fatty Acid Oxidation. Baicalin靶向脂肪酸氧化关键酶)

4.      Direct Activation of CPT1A by Baicalin. Baicalin直接激动CPT1A

5.      Structural Model for the CPT1A Activation by Baicalin. Baicalin激动CPT1A的结构模式)

6.      Baicalin Ameliorates DIO and Associated Metabolic Disorders in Mice.Baicalin体内缓解代谢疾病)

7.      CPT1A Activation Is Critical for the Antiobesity Effect of Baicalin.(激活CPT1ABaicalin发挥减肥作用的关键机制)

第一部分,讲述了Baicalin在细胞内具有降脂活性。这是药效研究,不用看具体数据也知道,作者会用多种不同的表征指标证明Baicalin在细胞内具有降脂活性。结合论文题目我们知道,这是论文的引子,下一步将利用化学蛋白质组学方法寻找其降脂的体内靶点。

第二部分,利用SILAC-ABPP技术寻找Baicalin的靶标谱。这里SILAC-ABPP技术我们不清楚其意义是什么,但可以断定一定是标题的化学蛋白质组学。从小标题的字面可以看出,作者将在这部分讲述SILAC-ABPP技术的操作流程。

第三部分,Baicalin靶向脂肪酸氧化关键酶。这一定是SILAC-ABPP技术所得的结果,即发现Baicalin能够靶向一系列脂肪酸氧化关键酶。

第四部分,Baicalin直接激动CPT1A。已知CPT1A是脂肪酸氧化的一个关键限速酶,可以想见,在第三部分中,作者在考察完一系列脂肪酸氧化关键酶之后,最后聚焦在了CPT1A上。此部分就进一步研究Baicalin激动CPT1A的各种动力学参数。

第五部分,Baicalin激动CPT1A的结构模式。从标题可以知道,作者在此部分要研究BaicalinCPT1A的具体氨基酸结合位点是哪些,以及Baicalin结合导致CPT1A的结构发生怎样的变化。

第六部分,Baicalin体内缓解代谢疾病。到此部分,作者将研究从体外细胞学转向了体内动物水平。和第一部分一样,这是为揭示Baicalin体内作用机制做的铺垫性研究。

第七部分,激活CPT1ABaicalin发挥减肥作用的关键机制。此部分,揭示了Baicalin降脂的体内作用机制。

快速扫读论文结果部分的各个小标题,可以获得作者的研究过程和故事讲述逻辑。即先在细胞水平发现Baicalin的体内作用靶点,然后在动物体内进行验证,从而揭示Baicalin发挥降脂功效的药理作用机制。

在细胞水平,作者先确认Baicalin的药效,然后采用SILAC-ABPP技术寻找Baicalin的直接结合蛋白,并从中遴选出最关键的结合蛋白——CPT1A,进一步剖析Baicalin激动CPT1A的具体分子方式。然后,将细胞学上的发现,在动物体内进行验证,证明Baicalin具有减肥功能,并且激活CPT1ABaicalin发挥减肥作用的关键机制。从而完整地阐述了发现Baicalin体内结合靶点,并在体内外证明Baicalin发挥减肥作用的关键机制。

这样,通过小标题阅读,我们就从整体上认识了作者的研究历程和写作逻辑,对整个故事的梗概有了大体认识。下一步,我们将进行每个部分的详细阅读,并在深度理解的基础上,对论文的结果进行评判。限于篇幅,将在后面分两个小文分别对上述两个阅读阶段进行阐释。




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