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怎样快速而准确地阅读科学论文(2)——摘要 精选

已有 11486 次阅读 2018-7-4 14:17 |系统分类:教学心得| 论文阅读技巧

 

怎样快速而准确地阅读科学论文(2)——摘要

 

吴崇明 中国医学科学院药用植物研究所 chomingwu@163.com

 

接上文。通过阅读标题,我们知道这篇论文主要讲述硝酸盐循环调节胃黏膜厚度”,并且这里的硝酸盐循环特指的是由“口腔细菌”推动的硝酸盐循环。根据题目中的“硝酸盐循环”、“胃黏膜厚度”和“口腔细菌”三个关键词,我们预想了如果自己写作和完成这个研究需要解答哪些问题,然后就可以带着这些问题阅读这篇论文了,看作者的研究是否解答了我们的疑问,他们的写作逻辑与我们所想的是否相同。

首先,我们阅读摘要,这是整篇论文的浓缩,精华所在。读懂了摘要,作者的主体思想也就基本明确了。很多时候,我们在做快速阅读的时候,大部分论文我们只看作者的摘要,了解论文的大体内容即可。只有摘要的内容非常吸引我们的兴趣时,才会希望深入阅读全文,进行论文的精度。因此,如何快速地阅读摘要,如何从摘要中获取我们需要的知识,并对整篇论文形成自己的认识和判断,是提升我们论文阅读能力的非常重要的部分。

在讲如何阅读摘要之前,我们需要理解为什么要写摘要,以及摘要写作的一般逻辑。只有了解了如何写作摘要,才能更好更准确地理解作者的摘要写作逻辑,并作出相应的评判。

为什么要写摘要?摘要高度概括了论文的研究目的、内容、方法、结论等,是学者了解某一篇论文内容的“窗口”,可吸引同行继续阅读下去。因此,写好摘要是提高论文传阅率的重中之重。

摘要有哪些构成要素?摘要至少包括如下四个要素:(1)问题陈述及重要性:我们为什么要关注该问题?当前该问题存在哪些研究上的不足?(2)研究方法/过程:用什么方法通过什么步骤得到研究结果?(3) 结果:取得了什么样的研究结果?(4) 结论:通过分析结果,得到了什么结论?是否对第一点提到的研究不足有改进?

一般而言,摘要主要有两种形式,一种是结构型摘要,即将摘要明确划分成目的、方法、结果和结论四个部分,每个部分有相应的标题;第二种是叙述型摘要,与结构型摘要的区别在于,没有明确的结构划分,但是在写作上依然遵循目的、方法、结果和结论几个部分,只是通常把方法和结果两个部分糅合在一起进行叙述。

下面我们继续以上一讲的那篇论文为例,讲解如何通过主干阅读和问题导读方法快速理解和掌握论文的主要内容和核心亮点。

二、阅读论文的摘要

论文的摘要如下:

Background: Inorganic nitrate from exogenous and endogenous sources is accumulated in saliva, reduced to nitrite by oral bacteria and further converted to nitric oxide (NO) and other bioactive nitrogen oxides in the acidic gastric lumen. To further explore the role of oral microbiota in this process we examined the gastric mucus layer in germ free (GF) and conventional mice given different doses of nitrate and nitrite.

Methods: Mice were  given  either  nitrate  (100 mg/kg/d)  or  nitrite  (0.55–11 mg/kg/d)  in  the  drinking water for 7 days, with the lowest nitrite dose resembling the levels provided by swallowing of fasting saliva. The gastric mucus layer was measured in vivo.

Results: GF animals were almost devoid of the firmly adherent mucus layer compared to conventional mice. Dietary nitrate increased the mucus thickness in conventional animals but had no effect in GF mice. In contrast, nitrite at all doses, restored the mucus thickness in GF mice to the same levels as in conventional animals. The nitrite-mediated increase in gastric mucus thickness was not inhibited by the soluble guanylyl cyclase inhibitor ODQ. Mice treated with antibiotics had significantly thinner mucus than controls. Additional studies on mucin gene expression demonstrated down regulation of Muc5ac and Muc6 in germ free mice after nitrite treatment.

Conclusion: Oral bacteria remotely modulate gastric mucus generation via bioactivation of salivary nitrate. In the absence of a dietary nitrate intake, salivary nitrate originates mainly from NO synthase. Thus, oxidized NO from the endothelium and elsewhere is recycled to regulate gastric mucus homeostasis.

    摘要较长,我们分部分进行解读。首先是背景部分。

Background: Inorganic nitrate from exogenous and endogenous sources is accumulated in saliva, reduced to nitrite by oral bacteria and further converted to nitric oxide (NO) and other bioactive nitrogen oxides in the acidic gastric lumen. To further explore the role of oral microbiota in this process we examined the gastric mucus layer in germ free (GF) and conventional mice given different doses of nitrate and nitrite.

首先,通过寻找主谓宾快速读懂背景的主干,即红色标注的部分。第一句,硝酸盐积累、还原、转变,显然讲的是硝酸盐的命运,换句话说,就是解释什么是硝酸盐循环。第二句,“To”引出研究的目的,examined the gastric mucus layer写出了研究的方法。把它们翻译成自己的话,就是“硝酸盐循环是指巴拉巴拉,为了探究口腔细菌在其中的作用,我们检查了胃黏膜”。

这很简单的一句话,让我们知道,在这篇论文中,作者要以检查胃黏膜作为主要手段,来探究口腔细菌在硝酸盐循环中的作用。这就是核心。

也许很多人会问:“这句话的内容很多呀,你这样概括把许多重要的信息给丢掉了!这样理解不对吧?”主干阅读就是要先去掉所有修饰词汇,找出主干,自己建立主体词汇之间的内在逻辑关系,然后把作者的修饰定语语引入进来,从而确定整体的核心亮点——作为状语的限定词。

如果阅读完整个摘要,就会发现,作者虽然提到了各种实验方法,但其检查的指标只有一个——胃黏膜层,其所采用的不同手段都只是为了建立起口腔细菌和硝酸盐循环之间的不同关联,从而分析口腔细菌——硝酸盐循环——胃黏膜厚度三个关键词之间的内在联系。

但是,正如前面所说,科技论文写作中,作为状语的修饰词往往是整句话的重点和精华所在。限定词是非常关键的,它表明了所陈述事实的存在条件、产生方式、所得后果,更重要的,注明了“这句话在什么情况下才成立”。经常有人因为没有注意论文的限定条件,而错误地将作者的结论推论到不相符的领域条件,从而得出错误的结论。关于这个问题,以后我会单独写一个小文介绍我的个人体会。

所以,在读懂了第一句的主体意思之后,我们有必要注意一下三个状语“in saliva”、“by oral bacteria”和“in the acidic gastric lumen”。这三个词分别表明了口腔硝酸盐的存在部位——唾液中;是谁将硝酸盐还原成亚硝酸盐——口腔细菌;以及亚硝酸盐在哪里被转变成NO等物质——酸性的胃体中。看清了它们,就知道硝酸盐循环的不同阶段分别发生于不同的人体部位。

这篇论文并未明确指出研究硝酸盐循环与胃黏膜有什么重要意义,因此对于不熟悉这个领域的读者,这样写不一定能够让他们知道本研究的重要性,从而调动读者的兴趣。从这方面说,这个背景还可以进一步优化,将硝酸盐循环、胃黏膜和/或口腔细菌与人们关系的某个问题联系起来,比如某种疾病,以增强对一般读者的吸引力。

 

读完背景后,接下来阅读方法部分。

Methods: Mice were  given  either  nitrate  (100 mg/kg/d)  or  nitrite  (0.55–11 mg/kg/d)  in  the  drinking water for 7 days, with the lowest nitrite dose resembling the levels provided by swallowing of fasting saliva. The gastric mucus layer was measured in vivo.

用硝酸盐或亚硝酸盐处理小鼠,并测量胃黏膜层。

写得很简洁,但是有一些问题需要回答。(1) 为什么用硝酸盐和亚硝酸盐处理小鼠?因为口腔细菌影响二者转化,用亚硝酸盐可以绕过口腔细菌的作用。(2) 但是光在饮水中加入硝酸盐和亚硝酸盐就够了吗?口腔细菌如何排除?仅凭这里方法中的叙述显然无法实现。

但是,作者在背景部分也提到了方法,也就是“in germ free (GF) and conventional mice”并且“given different doses of nitrate and nitrite”。换言之,这个方法部分,只是背景中方法的更详细描述而已,真正的方法在背景部分中。

通过自己给自己提问,我逐渐了解了论文的主要意思,更重要的,我们找到了论文的关键所在——也就是哪些隐藏在状语中的信息。虽然逐字逐句地阅读论文也能够看到这些信息,但是你可能对这些关键信息的重视程度和印象不够深刻。通过主干阅读+问题导读,自己发现和寻找到这些隐藏的关键信息,就可以显著提升对论文核心信息的了解和把握。

 

下面是结果部分。

Results: GF animals were almost devoid of the firmly adherent mucus layer compared to conventional mice. Dietary nitrate increased the mucus thickness in conventional animals but had no effect in GF mice. In contrast, nitrite at all doses, restored the mucus thickness in GF mice to the same levels as in conventional animals. The nitrite-mediated increase in gastric mucus thickness was not inhibited by the soluble guanylyl cyclase inhibitor ODQ. Mice treated with antibiotics had significantly thinner mucus than controls. Additional studies on mucin gene expression demonstrated down regulation of Muc5ac and Muc6 in germ free mice after nitrite treatment.

标注主干。(1)GF动物没有黏膜层”,(2)“硝酸盐增加黏膜层,但是在GF中不可”,(3)“亚硝酸盐不管GF还是常规动物都可以恢复黏膜层”,(5)“抗生素小鼠黏膜薄”。

读完这些,我们就知道,硝酸盐只有经过口腔细菌变成亚硝酸盐之后,才能增加黏膜层厚度。因此,故事的逻辑是:硝酸盐>>>口腔细菌>>>亚硝酸盐>>>胃黏膜厚度。

4句和第6句中出现了专有名词,一种是酶抑制剂,一种是基因名。如果不百度,它们的功能我们无法得知,那就暂时不去管它,有了上面4句的理解,整个实验结果我们已经可以基本掌握了。

 

下面,看结论部分,看作者的结论是否与我们推理的结论一致。

Conclusion: Oral bacteria remotely modulate gastric mucus generation via bioactivation of salivary nitrate. In the absence of a dietary nitrate intake, salivary nitrate originates mainly from NO synthase. Thus, oxidized NO from the endothelium and elsewhere is recycled to regulate gastric mucus homeostasis.

第一句话的结论与我们的推理一致。我表示认同。但是第二句和第三句话是什么鬼?在结果的任何部分有提到吗?所以这两句话说得莫名其妙。如果我是审稿人,一定让作者修改,要么是在结果中补充这部分描述(看一下,作者在结果中是否有做相关的实验),要么把这两句话从结论中删掉。

 

读完了整个摘要,我们提取出主干如下:

硝酸盐循环似乎很有趣,为了研究口腔细菌在其中的作用,作者给无菌小鼠和常规小鼠喂食硝酸盐或亚硝酸盐,并检查胃黏膜厚度。结果发现,硝酸盐增加黏膜厚度的效果需要有细菌存在,而亚硝酸盐则不需要。所以,口腔细菌通过影响唾液硝酸盐的转化远程调节胃黏膜的产生。

 

这样读起来,似乎很合理,思路清晰,结论也可以接受。那么,作者的结论真的恰当吗?他们的实验完备吗?我们不从经验和专业知识的角度进行评判,仅从论文的写作和用词来评价来进行分析,也会得到有意思的发现。

我前面已经强调过多次,科技论文中的定语和状语等修饰语其实才是整个论文的核心所在。这篇论文的核心词汇是“Oral bacteria”(口腔细菌),更关键的是“口腔”。但是作者所用的不同处理方法都是排除“细菌”,而非“口腔细菌”。胃部的细菌不会参与硝酸盐循环吗?而且,作者在结论中也特异强调口腔细菌remotely调节黏膜产生。难道口腔细菌不可以被吞到胃里,然后locally调节吗?要解决这个问题,硝酸盐在哪里被还原成亚硝酸盐是关键。口腔细菌可以,食道和胃部的细菌可以吗?

当然这只是从论文阅读的角度进行思考,在经验和专业领域,以上的问题其实都不能算是很重要的问题,所以这篇论文虽然没有明确解答以上疑问,但仍然可以发表。不过我们做出一些思考和推论,有时真的可能发现作者在写作或实验中存在的严重失误,更重要的,有助于我们在实验和论文写作中避免出现不严谨的问题。

 

 

 




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