Haplotype Network 单倍型网络图的构建

需要文件：序列文件 ( fas,nex...).

 软件：MEGA7，DnaSP, PopART.

1 序列对齐

1),打开MEGA7.

    2),建立比对序列

    3)载入fast序列

    4)aligment,

    5)CludtalX or  muscle

    6)存为nex 格式

2 单倍型分析

打开DnaSP ,

载入文件 *.nex

Generate

Haplotype file

3 手动修改nex 文件

    用notepad 打开nex 文件 在末尾 添加如下代码（单倍型分组）

4 打开PopART

Network

TCSnetwork 

结果就出来了，可以改颜色，大小，只在拖动就可以。

到这里 单倍型网络图 就做完了，还不够美观，我们可以再加一个单倍型树

1. 打开PAUP4

2. trees->generate tree

3. trees->tree scores

4. trees->filter->scores

5. trees->save tree to file