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由于不能重复结果,诺奖获得者Szostak愤怒地撤回PNAS等2篇文章

已有 12516 次阅读 2017-12-6 12:19 |个人分类:文章介绍|系统分类:论文交流|关键词:诺贝尔化学奖,撤稿,Szostak,PNAS,Nature,Chemistry,不能重复


iNature:诺贝尔奖获得者Szostak在发现了主要结论并不正确之后,已经撤回了2016年在“自然化学”(Nature Chemistry)上发表的一篇探索地球生命起源的论文。





一些研究地球上生命起源的研究人员假设RNA是在DNA或蛋白质之前进化的。 如果这是真的话,那么RNA将需要一种不用酶进行复制的方法。 “自然化学”(Nature Chemistry)的论文发现,某种类型的肽 - 在我们早期的历史中可能已经存在 - 使得RNA自我复制成为可能。

美国马萨诸塞州剑桥哈佛大学化学与化学生物学教授杰克·W·索佐克(Jack W. Szostak)与伊丽莎白·布莱克本(Elizabeth Blackburn)和卡罗尔·格雷德(Carol Greider)分享了2009年度诺贝尔生理学或医学奖,他们对衰老的开创性研究告诉我们,他“令人难以置信 兴奋“的时候,他认为我们至少有一个解决这个问题的办法,”研究人员已经研究了50多年。

但在随后的实验中,Szostak实验室的成员Tivoli Olsen无法重复2016年的发现。 当她回顾Nature Chemistry论文中的实验时,她发现该团队误解了最初的数据:所讨论的肽似乎没有提供促进RNA复制的环境。


Szostak告诉我们这些错误“绝对令人尴尬”:


回想起来,我们完全被我们的信念所掩盖(在我们的发现中)......我们并不像我们本应该那样仔细或严格(和Tivoli一样)来解释这些实验。


Szostak补充说:

唯一的补救措施是我们发现和纠正我们自己的错误,并找出发生了什么事的人。


鉴于这些问题,作者要求撤回“自然化学”论文“Oligoarginine Peptides Slow Strand Annealing and Assist Nonenzymatic RNA Replication”。  据Clarivate Analytics的Web of Science报道,这篇论文被引用了9次。


以前的重复性问题


2009年,Szostak得知无法复制结果之后,撤回了2008年在“美国科学院学报”(Proceedings of the National Academy of Sciences)上的一篇论文。撤回通知书记录了伯克利加利福尼亚大学的博士生凯瑟琳·贝里(Katherine Berry)提出的问题。

Berry,现在是位于马萨诸塞州South Hadley的Holyoke的生物化学助理教授,她告诉我们她对PNAS的研究很感兴趣,因为它确定了一种潜在的丙型肝炎病毒抑制剂,她想探索这种抑制剂是如何工作的。贝瑞解释说,作者“很高兴合作,并发送肽”。

但在后续的实验中,贝瑞无法重现这一发现。贝瑞向Szostak提交了她的数据。她说,Szostak“对我的努力是非常支持和感激的”,并“发挥了积极的作用”来纠正这些文献。“她解释说,Szostak立即向PNAS工作的一个实验室博士后问了”而当博士后的复制尝试也失败时,他“迅速撤回了出版物”。

已经被引用七次(包括通过撤回通知一次)的论文“Selection of cyclic peptide aptamers to HCV IRES RNA using mRNA display,” has been cited seven times”。



声明


“自然化学”的通知详细介绍了发生的事情:


我们这些作者正在撤回这篇文章,因为我们重复和跟进结果的努力是失败的。具体而言,我们一直无法重现观察结果,表明富含精氨酸的肽允许RNA模板在其互补链存在下的非酶复制(图4e)。我们最初认为这些实验中的变异性是由热变性后样品的快速冷却变化引起的。然而,我们现在了解到,发表的文章中的数据是由错误设计的实验引起的假阳性结果,其中随机误差(包括转移和浓度误差)影响了RNA模板浓度的比例及其互补性链。这导致了在互补链存在下被错误解释为模板复制的假阳性,实际上这些反应不含有足够的互补链来完全抑制反应。


随后的实验表明,富含精氨酸的肽可能不会减慢互补链的退火(图3),并且我们之前解释为退火速率下降的实际上是由于RNA小滴之间的缓慢聚结或链交换而造成的人工制品 - 肽凝聚层,以及导致荧光强度降低的液滴聚结和沉降。类似地,图2c中所示的改变的圆二色谱(其原先被解释为在肽结合后的RNA的全局螺旋结构的变化的结果)也可能是由于例如信号或光的损失散射。尽管富含精氨酸的肽与RNA的结合确实形成了凝聚相液滴,并且尽管大部分RNA确实存在于凝聚相内,但是后续实验证实在这些凝聚层液滴内发生非酶促RNA聚合反应尚无定论(图5d)。


这些实验表明囊泡在富含精氨酸的肽的存在下是稳定的(补充图26,由N.Kamat提供),并且酸性肽缩合RNA的失败已被复制(补充图8,由K.Adamala)。但是,由于我们论文的主要结论是不正确的,所有的作者现在都撤回了这篇文章。作者要感谢蒂沃利·奥尔森博士的广泛努力,以解决我们的文章中的错误,我们向科学界道歉,因为我们的出版物引起的任何混淆。



科学不断向前


Szostak实验室的研究人员奥尔森(Olsen)在2016年的“自然化学”(Nature Chemistry)杂志上发现了这个问题,他告诉我们:


作为一名科学家,工作是排除故障。 你不能帮助别人,但也不能忽视那些需要你的地方。 我履行了自己的义务,确保没有人会在这之后浪费时间。


Szostak告诉我们,他计划继续努力解开“化学复制RNA的问题:


虽然我们对这种方法不起作用感到失望,但我们正在回到制图板,并寻找克服这一障碍的其他方法。



:主要来源于Retraction Watch网站。



原文链接

https://www.nature.com/articles/nchem.2551.epdf?shared_access_token=_6aqIqPczWW4tTT0RrSuIdRgN0jAjWel9jnR3ZoTv0NXtWCSXYjhBd2CLhe5OnX7S5ulLnul7cJtFXuLB_nqQmwDwQvwGwqRA7J5b2JygWGeMXhBtemYgNw7jyn3m6N4VAr23w-qiwN3hi60DwtWOA4VIG2FNUVvR6XRR1ibSn0%3D


http://www.pnas.org/content/105/40/15293.full



原文解析


http://retractionwatch.com/2017/12/05/definitely-embarrassing-nobel-laureate-retracts-non-reproducible-paper-nature-journal/





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