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Lammps最新版(lammps-5Jun19)Ubuntu 16.04.4下python接口制作教程

已有 452 次阅读 2019-7-18 17:42 |个人分类:学习记录|系统分类:科研笔记

Lammps最新版(lammps-5Jun19Ubuntu 16.04.4python接口制作教程

By:枫晓君亭

 

Lammps-python-interface.pdf


写在前面:

Python正风靡世界,语言各有千秋,python个人认为是嫁接各类语言的纽带。做一个lammps-python接口可能会满足某些人的需求。制作需要在Ubuntu下完成,本人试过centos,很遗憾地失败了。所以本文是基于Ubuntu下安装完lammpspython接口,使用的python版本为Ubuntu自带的Python 2.7.15+.

参考:

(1)    解压包中的 ~/lammps-5Jun19/python/README (打开README后照做)

(2)    https://lammps.sandia.gov/doc/Python_shlib.html

基于我们前面博文:(http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3366501&do=blog&quickforward=1&id=1187278)安装的Ubuntu下的lammps最新版,编译完成后出现lmp_mpi,下面继续编译python接口。

1.    编译共享库

a.      cd ~/lammps-5Jun19/src

b.     make mode=shlib mpi (or Ubuntu) or make mpi mode=shlib 若能顺利执行,则src文件夹内会出现Obj_shared_mpi文件夹,其中包含了许多.o文件。

c.      sudo make install-python

d.     cd ..

2.    配置环境变量

a.      vi ~/.bashrc

b.     文件末尾加入

export PYTHONPATH=${PYTHONPATH}:~/lammps-5Jun19/python lammps包内python文件夹的路径,进入该文件夹内,pwd命令可查看)

export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:~/lammps-5Jun19/srclammps包内src文件夹的路径,进入该文件夹内,pwd命令可查看)

da.png

c.      source ~/.bashrc

3.    测试

a.      python (打开python2.7)

b.     from lammps import lammps

c.      lmp = lammps() 未报错说明成功,最后可以到lammpspython文件夹中运行例子,具体请阅读README.

dasd.png




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