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[转载]MD学习-能量最小化

已有 339 次阅读 2017-9-13 16:29 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

      如果初始构型离平衡态非常远,体系的受力可能过大,以致MD模拟失败。在这种情况下,需要先对体系进行稳健的 能量最小化 。另一个进行能量最小化的原因是去除体系的所有动能:如果要对动力学模拟过程中几个“快照”进行比较,能量最小化能够减少结构和势能中的热噪声,因此比较结果可能更好。

     能量最小化算法先在外层迭代中确定坐标改变的搜索方向。然后基于线搜索(line search)算法进行内层迭代。线搜索算法通过不断的计算力和能量来确定新的坐标

     在能量最小化中,有多种模式,一般用sd模式较多,sd模式是一种最陡下降的算法。

    最小化模块中,一般语句为:

    min_style sd

    minimize  1.0e-12 1.0e-12 1000 1000(参数自己设置)

    前两项参数指数越高,最小化程度越高,效果好,但计算量多

    后两项为迭代的最大次数。

    具体的可以看这篇文章:

    http://www.52souji.net/lammps-command-minimize.html





   



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