本文基于序列数据的初步处理,再到系统发育树的构建,所涉及到的软件进行分类,以方便同行或感兴趣的学者共同研究 。如有不足望指点,三人行必有我师焉,望多多指教!
序列的来源,基本上来自于大洋彼岸的美国生物信息中心,即NCBI。GenBank,EMBL, DDB,三者之间的信息是共享的,有兴趣的可以浏览下。从生物软件的开发,可以看出,我国在这方面的人才非常欠缺。
以下分别列出了常用于期刊发表中的软件,并附有该软件的官方网站,对于软件会有实时更新,希望对于初学有所帮助,也希望高手共同学习进步。
引物设计软件
这方面的常用软件:Primer Premier、Oligo等。
Primer Premier,http://www.premierbiosoft.com/primerdesign/ 多序列编辑
常用的序列软件:Sequencher、phyDE、MAFF、MUSCLE、T-Coffee、Clustalx、ClustalW等。
格式转换软件:SeqVeter等。
序列提交软件:BankIt(在线)、Sequin(本地客户端形式)、tbl2asn(命令行形式)等。
Sequencher,http://genecodes.com/ src,source的简写,存放源代码的文件。
bin,binary的简写,存放二进制文件,包括后缀为.exe程序的文件。 doc,document的简写,Word2003以前版本的文本文档,Word2007之后为docx。C文件,是C语言源代码文件
MAC文件,是用于苹果系统的文件
GCC文件,是用于Linux系统的文件
.pl,是perl语言文件的源程序的扩展名
.jar,Java Archive File的简写,是 Java 的一种文档格式,类似 ZIP 文件,即文件包。 .dll,Dynamic Link Library的简写,是文件为动态链接库文件,又称“应用程序拓展”,是软件文件类型。原文载于
https://user.qzone.qq.com/355541801/blog/1476003667