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进化分析软件分类(生信入门篇)
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进化分析软件分类(生信入门篇)
本文基于序列数据的初步处理，再到系统发育树的构建，所涉及到的软件进行分类，以方便同行或感兴趣的学者共同研究 。如有不足望指点，三人行必有我师焉，望多多指教！
序列的来源，基本上来自于大洋彼岸的美国生物信息中心，即NCBI。GenBank,EMBL, DDB，三者之间的信息是共享的，有兴趣的可以浏览下。从生物软件的开发，可以看出，我国在这方面的人才非常欠缺。
以下分别列出了常用于期刊发表中的软件，并附有该软件的官方网站，对于软件会有实时更新，希望对于初学有所帮助，也希望高手共同学习进步。
引物设计软件
这方面的常用软件：Primer Premier、Oligo等。
Primer Premier，http://www.premierbiosoft.com/primerdesign/
序列的来源，基本上来自于大洋彼岸的美国生物信息中心，即NCBI。GenBank,EMBL, DDB，三者之间的信息是共享的，有兴趣的可以浏览下。从生物软件的开发，可以看出，我国在这方面的人才非常欠缺。
以下分别列出了常用于期刊发表中的软件，并附有该软件的官方网站，对于软件会有实时更新，希望对于初学有所帮助，也希望高手共同学习进步。
引物设计软件
这方面的常用软件：Primer Premier、Oligo等。
Primer Premier，http://www.premierbiosoft.com/primerdesign/
Oligo，http://www.oligo.net/
多序列编辑
常用的序列软件：Sequencher、phyDE、MAFF、MUSCLE、T-Coffee、Clustalx、ClustalW等。
格式转换软件：SeqVeter等。
序列提交软件：BankIt（在线）、Sequin（本地客户端形式）、tbl2asn（命令行形式）等。
Sequencher，http://genecodes.com/
phyDE，http://www.phyde.de/
Clustal，http://www.clustal.org/
核苷酸替换模型的选择
目前常见的有MrModelTest、Modeltest和jModeltest等。
ModelTest，https://msu.edu/course/zol/855/f09/software.html
系统树的构建
基于不同的方法，会用到不同的软件：MrBayes、RAxML、PAUP等。
系统树查看工具：FigTree、Treeview。
MrBaye，http://mrbayes.sourceforge.net/
RAxML，http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/index.html
在线RAxML, http://embnet.vital-it.ch/raxml-bb/
在线PhyML, http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
在线RAxML, http://embnet.vital-it.ch/raxml-bb/
在线PhyML, http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
FigTree，http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
在线构树，http://www.phylogeny.fr/
简易构树，http://phylot.biobyte.de/
在线构树，http://www.phylogeny.fr/
简易构树，http://phylot.biobyte.de/
分化时间
加上化石点，BEAST软件是分析的好帮手。
Tracer检查树的运行分析情况。
Treeannotator对大把跑出来的树，进行筛选，可以找到最可靠的树。
BEAST，http://beast.bio.ed.ac.uk/
化石信息，http://timetree.org/
起源地分析
S-DIVA软件是我国学者在这方面的贡献，扬我国威呀！
该软件作者已将其整合为RASP，一款基于序列信息进行起源地、染色体等多方面分析的软件。
RASP，http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP/
染色体树
chromEvol来自于以色列一所大学，不过该程序已被并入RASP中。
chromEvol，http://www.tau.ac.il/~itaymay/cp/chromEvol/
植物染色体信息，http://www.tropicos.org/Project/IPCN
src，source的简写，存放源代码的文件。
bin，binary的简写，存放二进制文件，包括后缀为.exe程序的文件。
doc，document的简写，Word2003以前版本的文本文档，Word2007之后为docx。
C文件，是C语言源代码文件
MAC文件，是用于苹果系统的文件
GCC文件，是用于Linux系统的文件
.pl，是perl语言文件的源程序的扩展名
.jar，Java Archive File的简写，是 Java 的一种文档格式，类似 ZIP 文件，即文件包。
.dll，Dynamic Link Library的简写，是文件为动态链接库文件，又称“应用程序拓展”，是软件文件类型。
原文载于
https://user.qzone.qq.com/355541801/blog/1476003667
https://blog.sciencenet.cn/blog-3360724-1074901.html
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