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【环球科学专访】百迈客:引领生物信息学产业2.0时代

已有 535 次阅读 2017-8-7 17:18 |个人分类:企业动态|系统分类:人物纪事

生命科学与信息科学已经发生了不可割裂的融合。上世纪90年代的人类基因组计划,让我们窥见了生命储存、传递与表达信息的本质属性与无限潜能。随着基因测序技术成本大幅下降、基因数据大量积累,生物信息学产业进入跨越式发展,正在革新我们的医疗技术、重塑普通人的健康。



但变革最大、获益最多的,仍是科研领域。一个面向生命科学工作者的信息服务产业应运而生。作为中国最初一批生物信息学创业公司之一,2009年成立的百迈客生物科技(BioMarker)在这场变革中扮演了重要角色。八年的发展经历,为百迈客沉淀下丰富的科研成果与技术产品,更让这个年轻的创新企业对市场的未来产生了深刻的洞见。在接受《环球科学》采访时,百迈客董事长及CEO郑洪坤先生以“基因科技服务2.0时代”,定义和描绘了生物信息学产业当下的发展方向。以下是采访节选。


百迈客董事长及CEO郑洪坤


生物信息学目前在业界有哪些应用方向,现状如何?

郑洪坤:首先尝试生物信息学新技术的是科研领域,这个市场目前相对成熟,商业模式也相对定型、需求稳定,公司也比较多,对技术类型的要求会更加多样化。


第二便是与医疗检测相关的生物信息学业务,包括肿瘤、遗传病的检测用药指导,以及产前检测。这一类业务,知识积累比较完善,已经有成熟的技术,需求市场早已存在。


面向个人的生物信息学业务,更多偏向健康管理,在基因知识上的不确定性,较前面两类服务相对更大。这部分业务市场潜力较大,但目前用户对服务的需求相对并不刚性,发展速度也相对较慢。


百迈客发展的八年间,生物信息学行业发生了哪些变化?

郑洪坤:生物信息学是随着高通量测序技术发展起来的。百迈客成立之时,正是高通量测序进入稳定和快速发展的初期。当时测序成本高,产出的数据种类和数据量少。近年来测序的成本急速下降,数据种类和数据量因此指数级增长,这是最大的变化。


成本降低为行业创造了机会,很多的新企业不断涌现。2009年百迈客成立的时候,国内真正从事生物信息学的企业只有几家,到现在发展成几百家,市场竞争更充分,对企业核心竞争力的要求变得更高了。百迈客因此瞄准了遗传图谱的构建及分析,以及生物云、特别是基因大数据的可视化分析,这是我们目前在国内领先的核心业务。


未来,生物信息产业主要将往哪里发展?

郑洪坤:我们可以把生物信息产业未来的发展分成三个大方向,一个方向偏硬件,也就是制造基因检测的设备,比如测序仪;另一个方向偏软件,开发分析数据的工具;第三是应用,比如刚刚提到的科研、临床和个人健康。百迈客瞄准的首先在软件层面,做广谱性质的布局,这对技术的要求比较高,也契合我们长期以来积累的优势。其次,我们也比较看好面向健康与医疗的应用领域,百迈客建立了医学检验所,正在开展肿瘤、用药的检测。


有人提出,生物信息学服务已经进入2.0时代,这意味着什么?

郑洪坤:生物信息学服务的2.0是百迈客第一个明确的提出来的。从1.0到2.0,最大的不同表现在两个方面。第一是数据的规模,第二是数据分析的可视化程度。


数据的积累是2.0模式的前提。1.0阶段数据量比较少,服务以人工为主,用户只能用自己的数据进行分析。而1.0模式发展到现在,科研领域可用的基因大数据大概在十几个P(1P=1024T=1048576G)的量级。百迈客在和科研机构合作的过程中,发现了大家对基因大数据价值的认可。科研工作者希望公司解读数据,但服务方解读问题始终不够透彻,于是他们希望自己进行更深入的解读。这时候,研究工具的性质就变得重要起来。2.0模式的内涵,就是将生物信息工具可视化,让所有人都有能力挖掘基因大数据。


我们因此搭建了一个2.0的生物信息学服务系统:百迈客云。


我们可以用Dos系统和Windows系统来比喻1.0,和以“百迈克云”为代表的2.0。1.0是Dos,对操作者要求高,需要敲复杂的命令码;而2.0模式提供了一个Windows界面,让普通用户可以使用原本只有程序员才能使用的系统。数据解读的方便性和易用性得以实现,科研人员同时省去了搭建机房、买服务器,雇佣服务器管理员、软件和算法工程师的成本——课题组里生命科学专业的学生,就可以使用平台账号去挖掘数据。

“百迈客云”同时也是一个数据云端。“百迈客云”的数据有两大来源,一类是公共数据库,一类是客户数据库。以往研究者只能够分析自己的数据,“百迈客云”让科研工作者可以利用其它更多相关的数据,挖掘出有价值的信息。


和已有的一些生物信息学工具相比,“百迈客云”的优势在哪里?

郑洪坤:之前的工具或者平台,最大的特点是单纯的工具性。生命科学研究人员很难理解这些工具本质是什么,他们只知道自己想做什么样的研究。比如美国国立生物技术信息中心(NCBI)的平台上也有很多小工具,但研究者在面对复杂的生物信息学问题时,往往不知道在什么时候应该用什么具体的工具。


“百迈客云”对不同的工具进行整合。以基因表达研究举例,我们根据八年的服务经验,提炼出用户对分析工具的需求,按照一定的逻辑,把它们分组、分类展示出来。换句话说,做某一些生物信息研究需要的工具,不会跳出我们的分类,因为这是经过成千上万的科学家一同思考、创新和检验,最后由我们归纳整理出来的。


“百迈客云”的模式,有两个非常重要的特点。第一,是通过多年的服务,体验了研究人员的各种需求。很多其他生物信息服务提供方,从事的是“主流程”这种相对标准化的开发,其中可调整因素较少。由于没有对需求进行更多的归纳,用户需要自己建模块并对其进行串联,才能进行生物信息学分析,这使得服务的对象变为了生物信息从业者,而不是普通的生命科学研究者。


“百迈客云”的另一个特点,是拥有足够多的项目,以验证产品是否符合研究者的需求。我们有大量的科研项目订单,开发的产品会首先通过它们来验证,较快地实现功能的完善,并投入应用。归根结底,通过长期的服务来懂得客户需求,是我们和其他从IT行业转向生物信息服务的同行的根本区别。


“百迈客云”上现在一共有多少个生物信息学分析产品?

郑洪坤:我们从高通量测序的数据作为出发点来设计产品,目前大概有二三十个产品。我们已经将与高通量测序相关的主流分析都开发成了APP,包括转录组、小RNA、环状RNA、linkRNA、外显子、目标区捕获、遗传图谱、全基因组关联分析等。


科研人员对生物信息云产品的接受度不断上升,“百迈客云”目前已经积累了一万多名科研用户,这些用户总体的反馈比较积极,也配合我们专业的技术团队、生物信息团队、技术服务团队,一同参与到产品不断的迭代优化中。基因大数据与科研服务相结合的模式,已经对生命科学研究产生了明显的支撑作用,下一步我们会继续向海外推广服务。


生物信息学领域发展迅速,生命科学人才和IT技术人才互相交流渗透,您对计划进军这个领域的创业者有什么意见与建议?

郑洪坤:基因科技类的创业现在处于一个不错的阶段,生物医药这个产业方向机会很多。生物云平台其实就为各种创业者提供了一个发挥优势的平台:“百迈客云”也可以对第三方的创业者开放,部署自己开发的生物信息学软件,将营销等工作交给平台来做。我很鼓励年轻人出来创业,创业对技术创新、商业模式创新的要求都比较高,所以需要创业者先把基础打好,然后勇敢尝试。




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