woodcorpse的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/woodcorpse

博文

宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

已有 241 次阅读 2017-10-12 08:55 |个人分类:培训|系统分类:教学心得

加拿大生信网

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/),每年组织多场生物信息学线下培训,并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频,每一份都价值不菲。

image

宏基因组数据分析培训

2016年6月22-24日,在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训,我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 “Access Content” 访问这次培训的材料。
image

课题内容简介

本次课题一共分为7节,简要介绍了背景、扩增子、宏基因组、宏转录组的分析思路和基本原理。同时提供全套的课件(PDF+PPT)和讲解视频(Youbute)在线。

注:本次课程以基础知识、原理讲解为主,非常适合刚入行的小伙伴认真学习。

更高级的数据分析实战课程,过几天就陆续分享给大家。

image

课程目录:

  1. 宏基因组学简介
  2. 扩增子分析物种组成
  3. 基于16S预测宏基因组
  4. 宏基因组物种组成
    • 比较16S与宏基因测序
    • 各种分析宏基因组物种组成方法
    • Metaphlan2分析宏基因组样品
    • STAMP统计组间物种差异
  5. 宏基因组功能组成
    • 功能与物种组成区别
    • 了解功能相关数据库
    • 理解宏基因组基因拼接的优缺点
    • HUMANN注释功能基因
    • STAMP统计组间功能差异
  6. 宏转录组
    • 理解宏转录组的机遇和挑战
    • 宏转录组的适用范围
    • 样品准备与实验设计
    • 数据处理的关键步骤
    • 处理简单的宏转录组示例
  7. 微生物组生物标记物挖掘
    • 生物标记物的定义和应用
    • 如何从微生物组数据中鉴定生物标记物
    • 分析实战
    • 理解分析的原理

资料下载

这是网站的速度特别慢,打开个PDF都要等好久,视频在Youtube上需要翻墙才能观看,这两天要开十八大,各种翻墙工具基本都难用,小编花了大约一天的时间,将课题全套的课件PPT、PDF,以及高清版视频 720p mkv进行下载、重命名整理,并保存至百度云。

不想自己下载和整理的朋友,请分享此文至朋友圈,让更多需要的人看到,并截图发送至后台,24小时内会有小编回复您下载链接。

Youbute视频链接

  1. https://youtu.be/s_MnbWohcBM
  2. https://youtu.be/fZNdWbr6xEA
  3. https://youtu.be/0eK2ycMgVmY
  4. https://www.youtube.com/watch?v=YhjSDG5mMjE&feature=youtu.be
  5. https://youtu.be/zhHE7vbmLSE
  6. https://youtu.be/841EZb3GOs8
  7. https://youtu.be/9AZM9y7niXs

Reference

  1. 加拿大生信网 https://bioinformatics.ca/
  2. 宏基因组专题培训 https://bioinformatics.ca/workshops/2016/analysis-metagenomic-data-2016#material

猜你喜欢

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外三十多位PI,三百多名一线科研人员加入。参与讨论,获得专业指导、问题解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加创始人好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-年级/职务”,备注不完整可能就不能做朋友了。技术问题寻求帮助,首先阅读如何优雅的提问学习解决问题思路,仍末解决推荐生信技能树-微生物组版块(http://www.biotrainee.com/forum-88-1.html) 发贴,并转发链接入群,问题及解答方便检索,造福后人。
image

学习16S扩增子、宏基因组思路和分析实战,快关注“宏基因组”,干货每日推送
image

点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA



http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1080297.html

上一篇:扩增子分析还聚OTU就真OUT了,试试unoise3
下一篇:PICRUSt:16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花
收藏 分享 举报

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2017-10-23 19:40

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2017 中国科学报社

返回顶部