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[转载]Seqkit序列处理软件自用笔记（更新中）
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安装：
conda install seqkit
使用：
1. 将多行序列转换为单行序列（特别用于在windows操作后，linux无法识别情况下的sequence normalization）
seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa
2. 统计序列碱基含量
seqkit fx2tab [flags]
参数：
-B, --base-content value
要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N
-g, --gc
print GC content
-l, --length
print sequence length
-n, --name
only print names
-i, --only-id
print ID instead of full head
举例：
seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa
3. 统计原始数据的测序量，看生成的表格中的sum_len，双向测序的则需要相加，如以下样本，测序量为12.77Gbp
seqkit stats 1.fq.gz 2.fq.gz file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len 1.fq.gz FASTQ DNA 42,565,036 6,384,755,400 150 150 150 2.fq.gz FASTQ DNA 42,565,036 6,384,755,400 150 150 150
https://blog.sciencenet.cn/blog-3316952-1203018.html
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