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过表line,严谨与否

已有 1611 次阅读 2019-5-23 20:46 |系统分类:科研笔记

       曾经跟一个领域内的大牛聊天,他说他极其的不信任过表line,artificial成分太高。

       当然,基因表达的时空特异性还是很强的。当你去用35S promoter 去启动的时候,结果就是整个植株无时无刻不在表达,然而它在不该表达的地方进行强表达,没有人会知道发生什么。但是还是有很多人用了很多的过表line。例如一些通过遗传方式确定上下游关系和正负调控因子的;当然主要是一些表型的确定,因为有很多基因有冗余的存在;还有一些很不严谨的直接作为背景来筛相关突变体的(Ting Li.,et al.2019),这个着实有点不大好;还有,例如(Haidong Yu.,et al.2012),过表line居然co-suppress了,连本底表达都没了,而且沉默还不是整株的,是从中间向四周叶片扩展,没人知道为什么,他们用了,editor居然还说好 ,,个人觉得这种说不大好的东西说说就好,顶多放Supplymentary里面就好了,放在文章的figure里,着实不够严谨,,(怪不得plos genetic 分数一直见跌,小声说,,)

    个人觉得过表line不是不可以用,首先确定一下expression pattern,是否会存在整株植物都可以表达的情况。如果有,就是相当于部分模拟正常生长状态,表型什么的也是可信的。还有就是冗余实在太多了,几十个,实在没办法都敲完了,过表line给些表型功能上的启示也不是不可以的。

      感觉大家对于这些细节的问题越来越严谨了。而且单细胞测序也越来越popular,这些也会随之严谨起来。总结起来就是,前途是光明的,道路是曲折的!(总感觉自己像是一本正经的在这胡说八道,,果然人心情不好了,是利于思考工作的,要不然都不知道自己会侃到哪里去了,,好了,心情好了,就回去干活吧



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