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如何做出相关系数矩阵可视化图

已有 17312 次阅读 2017-5-21 16:39 |个人分类:技术干货|系统分类:科研笔记| R语言

如何做出相关系数矩阵可视化图

install.packages("psych")install.packages("corrplot")#安装包,如果已安装,请略过

library(psych)

library(corrplot)#载入两个包

data(iris)#机器学习常用神奇数据集——鸢尾花数据集

head(iris)#查看下数据集前五行

irisnew<-iris[,-5]#去除第五列种类变量

cormat<-corr.test(irisnew)#相关系数分析及显著性检验#最简单的相关系数矩阵可视化

corrplot(cormat$r)

这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method=”square”)
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method = “number”)
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method = “shade”)
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method=”ellipse”)
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method = “pie”)
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method=”square”,type=”lower”,title = “Correlation of iris”)
这里写图片描述

含显著性检验的相关系数矩阵可视化

cormatp<-cormatp#单独取出p值矩阵
cormatp[upper.tri(cormatp)]=0#设置p值矩阵上三角等于0
corrplot(cormatr,method=”square”,type=”lower”,title = “Correlation of iris”,tl.cex=1.5,tl.pos = “lt”,number.cex=1,p.mat=cormatp,sig.level=0.05,insig=c(“pch”))
这里写图片描述

corrplot(cormat$r,method=”square”,type=”full”,title = “Correlation of iris”,tl.cex=1.5,tl.pos = “lt”,number.cex=1,p.mat=cormatp,sig.level=0.05,insig=c(“pch”))
这里写图片描述

corrplot.mixed(cormat$r,upper = “square”,lower = “number”,diag = “u”,tl.cex=1.5,tl.pos = “lt”,number.cex=1,p.mat=cormatp,sig.level=0.05,insig=c(“pch”))

这里写图片描述



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