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sci文章快速阅读的神器

已有 949 次阅读 2020-9-21 10:50 |个人分类:论文写作|系统分类:科研笔记

文献阅读作为科研的基本功,是每一位科研人员的科研生活中必不可少的一部分。尤其是在基因筛选、试验设计上,阅读文献都会给我们带来很大的便利。“他山之石可以攻玉”好好阅读文献,对我们的科研来说可谓是事半功倍。

但是,文献阅读尤其是sci,本来语言表达就比较枯燥,再加上对我们来说是非母语的文字,这让sci文章的阅读效率大打折扣。今天就带给大家一款sci文章快速阅读的神器,帮助大家迅速把握sci阅读,抓住想要的重点。

(图片来源:文献截图)

网址:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator/index.html

PubTator Central这个网站,简单地说是一个基于Web的系统,这个系统可以在【PubMed摘要】和【PMC全文文章】中自动进行【快速检索】和【关键字词的注释】。

PubTator Central支持六种分类的类型:基因/蛋白质、遗传变异、疾病、化学物质和细胞系。而且PubTator Central会随着pubmed的更新,每天进行文献内容的更新,目前包含约300万篇全文文章和2900万篇摘要。

未来的网站的人员还打算改进搜索功能,增加关键字和语义查询的组合,甚至还能对表格和附加材料中的内容进行检索。

与通常我们在PubMed直接检索,然后阅读文献摘要这种方式相比,PubTator Central将提取关键检索字词的数量增加了约2.6倍。当对全文文章中的段落执行信息检索时,信息检索也比仅对摘要执行时更有效。

PubTator Central的使用方式很简单,打开以下网页即可

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator/

作为一款文献检索网页,最直接最简单的方法肯定是直接在检索框中输入我们需要的关键词,不过这种方式太简单,而且没办法发挥出PubTator的全部实力。

那么如何才能更好的使用呢?

首先,PubTator central网站的检索支持布尔逻辑,也就是and、or、NOT和引号在这里的检索是可以用的,

简单地说呢

【A and B】  就是检索结果必须要同时有AB

【A or B】    就是检索结果中有A也可以,有B也可以,当然AB都有的也会被检索出

【A NOT B】 只能检索出和A有关的,且里面不能存在B

【引号】    将两个英文单词连接成词组,检索时该词组必须同时出现才能符合检索条件

除此之外,PubTator central还有自己独特的检索方式,叫做【语义检索(Semantic search)】,语义检索可以按照基因、疾病、试剂和药品等不同的分类进行检索。


在基因检索时,需要输入【@gene@基因ID】,基因ID可以在NCBI的基因查询中查找到,NCBI检索栏位置选择gene然后进行检索即可,每个基因的下方会有对应的ID。

笔者此处以GAPDH为例,经查找,GAODH的基因ID为2597。然后在PubTator central的检索框中输入@【gene@2597】,即可弹出所有与GAPDH基因相关的所有文章。

(图片来源:网页截图)

同样,在检索某种疾病或者试剂时,我们只需要输入【@disease@MESH:相应ID】或者【@chemical@MESH: 相应ID。】这里的MESH的序号,我们可以通过NCBI中MESH选项里检索进行获得。然后同样点击【检索】即可出现对应的疾病或者试剂的检索结果。

(图片来源:网页截图)

和普通结果相比,在一个单词有很多含义的时候,语义检索可以明确地帮我们找到需要类型的检索词。

此外,PubTator Central中语义检索的结果相比于直接搜索关键词,会更加专一和准确,通常用基因进行的语义检索的结果,检索的基因都是文章的关键基因,甚至都是在题目中都包含了这个基因。而普通检索时,尽管文章中会提及这个基因,但是相对的只是当作一个指标。

同样由于纳入范围较窄且条件更为严格,语义检索的结果也相对更少,甚至很可能出现检索不到的情况,具体使用哪种检索方式,还需要各位读者根据自己的情况使用。

相信有了这款神器,在刚开学的科研中,能够助力大家更好地科研。


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