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NCBI网站的小彩蛋

已有 426 次阅读 2020-4-24 09:03 |个人分类:论文写作|系统分类:论文交流| 科研, 学术, SCI论文写作与发表, 网站

导语:

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立生物技术信息中心,由美国国立图书馆于1988年建立。经过30余年的发展,NCBI已经成为目前生物科学领域应用最为广泛的数据库之一。而对于广大科研人员来说,NCBI也是不可或缺的网络工具之一,这里小编给大家分享NCBI网站中几个非常实用的小工具,希望能对大家有所帮助。

1、创建账户

首先,小编强烈建议各位读者朋友创建一个NCBI的账户,申请方法十分简单,点击NCBI网页右上角的【Sign in to NCBI】,进入新的页面后点击【Register for an NCBI account】,然后按照提示申请账户即可。

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完成账户申请后,点击进入【My NCBI】,可以看到分成了5块内容,分别是搜索界面、参考书目、最近活动、保存的搜索和数据收集。在这里不再具体介绍各个模块的功能,只跟大家分享一个文献搜索中最实用的功能。

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在PubMed(如果有小伙伴对这个大名鼎鼎的数据库还不太熟悉可以给我们留言奥~)中输入关键词,进入搜索界面后,在搜索框下点击【Create alert】,进入保存搜索界面,设置好搜索名称,关键词,推送频率,邮箱等等,保存后即可形成搜索记忆。系统会将此搜索条件保存在【My NCBI】中,并且按照用户设置的推送频率和时间将最新的文献发送至指定的邮箱。这样大家就能第一时间获得最新的文献资料,很方便有没有!

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2、 BLAST

2.1、BLAST简介

BLAST是NCBI中一个重要的模块,其全称为Basic Local Alignment Search Tool,是一种局部比对的搜索工具,也就是将输入的目标序列与NCBI数据库中已有的序列进行比对。BLAST分为4种,分别如下:

(1) Nucleotide BLST:输入核酸序列,与数据库中的核酸序列比对;

(2) blastx:输入核酸序列,系统按照读码框翻译成蛋白序列,再与数据库中的蛋白序列比对;

(3) tblastn:输入蛋白序列,与数据库中核酸序列按照读码框翻译成的蛋白序列比对;

(4) Protein BLAST:输入蛋白序列,与数据库中的蛋白序列比对。

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其中用的最多的是第一种和第四种。下面说一下BLAST使用时的注意事项:

(1) 考虑到密码子的简并性,BLAST通常优先用蛋白序列比对,没有蛋白序列的情况下再考虑用核酸序列比对,这样能最大限度减少假阳性;

(2) 在比对时应该注意合理选择数据库和物种信息,比如核酸序列比对时通常选择Nucleotide collection数据库,如果是人类或者小鼠的序列比对则直接选择相应物种的数据库,而蛋白序列比对时通常选择swissprot数据库;

(3) 关于算法参数,一般用默认参数即可,但某些特定情况下需要修改参数,比如你需要比对的序列在生物中非常少见,默认的参数可能没有结果,这时候可将期望阈值(Expect threshold)调整为100或者1000,可能会得到较多的比对结果。

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上面是我们经常使用的BLAST功能,其实BLAST模块下还有很多隐藏的小彩蛋。在BLAST界面下方有12个非常实用的小工具,这里仅列举两个。

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2.2、Global Align

这是一个简单的双序列比对工具,输入界面和BLAST基本一致所以不再介绍。比对结果有两个,一是矩阵图,斜率为1的直线表示完全一致的序列,直线以外为比对不上的区域。另外一个结果是具体的比对情况,包括位置和序列信息。相比较其他的序列比对工具,这个网页版工具的操作简单,结果清楚,完全能满足我们很大一部分序列比对的需要。

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2.3、primer-BLAST

相信很多人用过在线的primer3设计引物,只需要输入序列,设置好参数很快就能得到多条引物。但primer3设计的引物有时候容易出现非特异扩增的情况,这时你就可以使用BLAST中的primer-BLAST这一小工具。它和在线版的primer3的操作基本一致,一般只需要设置引物设计范围、PCR产物长度、引物Tm值和物种信息等参数,系统就能自动设计引物。和primer3相比,primer-BLAST最大的优势在于系统会将你扩增的片段在NCBI数据库中进行BLAST比对,为你筛选出最特异的引物。引物设计的结果同样有两个,引物位置示意图和详细的引物信息。可以说这个小工具结合了primer3和BLAST的优势,尤其适用于设计qrt-PCR引物,你值得拥有!

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小编在这里列举了一些NCBI网站上不常见但很实用的小工具,其实NCBI上还有很多值得学习的地方,如果你挖掘了其他彩蛋,欢迎留言告诉小编哦!


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