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科研论文作图之ImageJ

已有 1155 次阅读 2020-4-23 22:40 |个人分类:论文写作|系统分类:论文交流| 科研, 学术, SCI论文写作与发表, 科研作图

各位读者朋友们又见面了,今天给大家介绍一款图片处理软件——ImageJ,这是一款免费的科学图像分析工具,广泛应用于生物学研究领域。ImageJ软件能够对图像进行缩放、旋转、扭曲、模糊等处理,也可计算选定区域内分析对象的一系列几何特征,包括长度、角度、周长、面积、长轴、短轴等等。更重要的是ImageJ的处理结果受到各种杂志的广泛认可,不会出现造假的问题。下面介绍ImageJ的常用功能。(软件下载链接:https://en.softonic.com/download/imagej/windows/post-download)

软件下载解压后可直接使用,还是先看一下ImageJ的界面,非常简洁明了,有多种图形和文字处理工具,可谓麻雀虽小五脏俱全。下面还是举例说明软件的常用功能。

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01、图像基本变换

单击菜单【File】→【Open】打开图像文件,以大兴机场图片(中间为原始图片)为例,对图像进行4种基本处理,操作如下:

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a. 平滑处理:单击菜单【Process】→【Smooth】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(左);

b. 锐化处理:单击菜单【Process】→【Sharpen】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(右);

c. 改变图像类型:单击菜单【Image】→【Type】→选择图像类型(图中为8-bit)单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(上);

d. 色彩平衡:单击菜单【Image】→【Ajust】→【Color Balance】,单击菜单【File】→【Save As】选择图像格式(下)。

除了上述处理之外,ImageJ还能对图像进行旋转、缩放等操作,读者可一一尝试,在此不再赘述。

02、细胞计数

ImageJ能够很方便地记录图片上的粒子个数,如细胞、病斑、孢子等等,下面以人体红细胞图片为例说明计数方法。

a. 改变图像模式,打开图片,单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】,将图片转化成8位的灰度图;

b. 调整图片对比度,单击菜单【Image】→【Ajust】→【Brightness/Contrast】,将图片调整到合适的对比度,这里用了Auto来自动调整;

c. (可选)若图片背景为黑色,则可单击菜单【Edit】→【Invert】,将图片变为白底; 

d. 由于计数时只需要黑白两种颜色,单击菜单【Image】→【Ajust】→【Threthold】,用阈值算法将颜色合并来调整,这里也用了Auto来自动调整;

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e. 得到上述图片后,先要确定图片中粒子大小,这里小编介绍一种简单办法,单击菜单【Analyze】→【Measure Panicles】,将粒子大小设置为1进行预计算,得到平均粒子大小186.7,然后以这个数值作为粒子大小重新计数,就能得到比较准确的粒子数目了。

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03、条带灰度分析

ImageJ另外一个重要的功能是条带灰度值分析(DNA或Western Blot条带),下面讲解具体做法。

a. 打开条带图片,单击菜单【Image】→【Type】→【8 bit】,将图片转化成8位的灰度图;

b. 矩形工具选择要分析的条带,单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select First Lane】,选中后矩形框内会出现1的符号;

c. 单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Plot Lanes】,得到初始峰图;

d. 用工具栏中的直线工具将峰图下方封口,使其成为几个独立的区域,用魔棒工具分别点击这几个独立的区域,得到最后的灰度值统计结果;

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e. 测量多个条带的灰度值,可拖动图中的矩形框,选中下一行条带,单击菜单【Analyze】→【Gels】→【Select Next Lane】,选中所有条带后,同样使用直线工具封口,魔棒工具点击各区域得到面积,即灰度值;

f. 对数据做归一化处理,这里由于16-20为对照,分别用1-15每个条带的灰度值除以相应的对照,得到归一化的灰度值;

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g. 最后在excel中整理数据,并在Prism中画出相应的柱状图。(关于Prism的使用,请参看科研论文作图之Graphpad Prism)

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04、图片导出

ImageJ的图片导出十分简单,单击菜单【File】→【Save As】,有Tiff, Gif, Png等各种常用的图片格式,读者可根据需要自行选择。

好了,ImageJ的使用就给大家带来到这,另外给大家提供一个视频教程:http://xy.bioon.com/course_video/Image-J-kuai-su-ru-men-ji-ji-ben-cao761484.html


好了,各位老师,以上几期,为大家推荐并讲解了几款科研作图相关的软件,希望可以为您的论文写作及作图提供帮助。如果您需要更多的视频教程,如果您需要更多的免费资源,联系投必得客服

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