政府既可以决定财政科技资源的配置，也可以影响非财政科技资源的配置，计划经济和公有制程度越高，政府的作用就越强；市场主要靠竞争来引导科技资源的配置，市场经济和私有制程度越高，市场的作用就越强。经济发展需要政府和市场的配合，科技发展同样需要政府和市场的配合，但不同国家由于国情不同、认识不同等原因，政府和市场各自在科技发展中的作用也会大不相同，通常，政府在国防科技和基础研究方面的影响远大于市场，而市场在民用科技方面的影响较大甚至某些方面能够超过政府。 

在科技发展过程中，政府和市场的作用需因势调整，保持动态平衡，而保持平衡的关键在于“做好政府职能定位和调整”。我国已初步建立社会主义市场经济，但科技发展等各项事业仍在全面深化改革过程中，政府和市场的关系仍在不断调整和适应中。由于我国是从计划经济向市场经济转变，从政府对社会发展各领域的过度管理向政府的适度干预转变，所以在科技发展方面政府和市场关系调整的整体思路就是“政府退、市场进”，也就是要减少政府的干预，让市场在科技发展方面发挥更大的作用。

在协调政府与市场关系的过程中，最容易出现的问题就是“政府越位和缺位并存”，也就是政府在某些方面管得过多而在某些方面管得不够。在计划经济时代，开展什么研究、设立哪些机构、待遇怎么确定、成果如何评价、人员如何评价等几乎全由政府来做，而在市场经济时代，需要市场发挥更大的作用，政府的职能就要适当收缩，如果政府的财政支持不收缩、管理放权不到位，企业的科技活动就仍将围绕政府的财政资金和政府的管理活动开展，就难以真正成为科技创新的主体。政府不要认为在科技发展中“抓得越多越重视，抓得越多越容易出成绩”，过犹不及，该放得放。

在建立适应市场经济的科技发展秩序中，政府应将更多地精力放在建立和维护公平竞争的市场经济秩序、制定并实施针对性的减免税措施以及进行严格有效的知识产权保护等方面。政府应将更多的财力用于基础研究、国防科技、国家重大安全和利益研究等方面，减少对普通民用科技领域的资助和管理，减少对科技成果的评价和评奖，减少对企业和人员的相关认定和评价，让市场来引导和评价科技成果、企业。同时积极推进军民融合、产学研合作、财政投资设备共享等，促进财政科技成果外溢。