在网上下载的ABI平台测得 color space 格式的fastq。 bowtie1支持此种格式的alignment, 但是在用tophat2 调用bowtie1比对时，老是报错。 后来换了tophat v1.3.2 bowtie 0.12.7.0 才可以正常运行出结果。

在准备bowtie index 文件时需要 用 bowtie-build  -C  参数来生成针对color space格式的索引。

再用tophat时先利用  sra_to_solid  命令将fastq 文件稍微处理一下，就是除去fastq质量值那一行的第一个叹号。 sra_to_solid 1.fq >2.fq

然后运行tophat

tophat-1.3.2.Linux_x86_64/tophat -C -o . bowtie_colorspace_index/GRCH38  2.fq

后续就可以利用目前ILLUMINA 常用的软件进行后续分析了。

但是后续如果想用RSEM 来计算表达量，输入tophat生成的bam文件老是报错，RSEM currently does not support gapped alignments, sorry! 可能是在tophat上调用的bowtie参数和RSEM想要的不对应。

干脆直接用bowtie 进行比对： 注意：如果后续要用RSEM_calcuate_expression 计算表达量， bowtie要先对resm-prepare-reference 中生成的转录本序列建索引 。

然后在用 bowtie将reads比对到转录本序列上，而不是基因组序列上。

bowtie -C -S human_gencode.transcripts.fa test.fastq >test1.sam