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由于RNA表达的时空和时间的特异性,所以不同时刻或者是同一时刻不同组织内RNA表达的数目有着较大的差别,所以我们在说RNA的测序数据量时就不能够用测序深度来表示。
一般在说RNA测序时会说我们测了多少的cluster, 这里说的cluster就是指的打断后的RNA分子。比如说某一个RNA样本测序用了30M(30million)的cluster,采用双端测序技术,就是每个cluster从两端都测一次,每次测150bp,所以就会得到30M*2=60M的reads数,然后reads数乘以每条read的长度就是我们最后的测序数据量(碱基数),即为60M*150=9G的碱基数。
所以我们以后再说RNA-seq的测序数据量时就可以说测了多少的cluster,根据cluster的数目就可以计算出最后的碱基数。千万不要再说RNA-seq的测序深度了。
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GMT+8, 2024-9-19 16:13
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