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MBE:追寻八倍体栽培种草莓的二倍体祖先物种

已有 1004 次阅读 2020-10-1 14:01 |个人分类:每日摘要|系统分类:论文交流

Tracing the diploid ancestry of the cultivated octoploid strawberry

第一作者Chao Feng

第一单位科院华南植物园

通讯作者Ming Kang


 Abstract 


背景回顾The commercial strawberryFragaria × ananassa, is a recent allo-octoploid that is cultivated worldwide.


提出问题:However, other than F. vesca, which is universally accepted one of its diploid ancestors, its other early diploid progenitors remain unclear. 


主要研究:Here, we performed comparative analyses of the genomes of five diploid strawberries, F. iinumaeF. vescaF. nilgerrensisF. nubicola, and F. viridis, of which the latter three are newly sequenced.


结果1-比较基因组:We found that the genomes of these species share highly conserved gene content and gene order.


结果2-栽培种草莓的祖先:Using an alignment-based approach, we show that F. iinumae and F. vesca are the diploid progenitors to the octoploid F. × ananassa, whereas the other three diploids that we analyzed in this study are not parental species.


结果3-草莓属系统发育:We generated a fully resolved, dated phylogeny of Fragaria and determined that the genus arose ca. 6.37 million years ago.


结论:Our results effectively resolve conflicting hypotheses regarding the putative diploid progenitors of the cultivated strawberry, establish a reliable backbone phylogeny for the genus, and provide genetic resources for molecular breeding.


 摘  要 


商业栽培种草莓Fragaria × ananassa是一个异源八倍体,在全球范围内被广泛种植。然而,除了其已经被认可的二倍体祖先物种F. Vesca之外,另外的二倍体祖先物种还不清楚。本文中,作者通过对五个二倍体草莓:饭沼草莓(F. iinumae)、野草莓(F. vesca)、黄毛草莓(F. nilgerrensis)、西藏草莓(F. Nubicola)和绿色草莓(F. Viridis)进行了比较基因组分析,其中后面三个二倍体草莓基因组是本研究新测序完成的。作者发现这几个二倍体草莓基因组共享了非常保守的基因含量和顺序。利用基于序列比对的方法,作者发现饭沼草莓和野草莓是现在八倍体草莓的二倍体祖先物种,而其余的三个二倍体草莓则不是。另外,作者解析了草莓属物种间的系统发育关系,并且将该属的出现时间定位于6.37个百万年前。本文的结果有效的解决了有关八倍体栽培种草莓的二倍体祖先物种的争论,并且建立起了该属物种的系统发育树,为将来草莓的分子育种提供了丰富的遗传序列资源。


 通讯作者 


**康明**


个人简介:

1993-1997年,华中农业大学,学士学位;

2000-2002年,中科院武汉植物园,硕士;

2003-2006年,中科院武汉植物园,博士。


研究方向:

1)报春苣苔属植物多样性调查、引种保育与驯化利用;

2)苦苣苔科植物对喀斯特特殊生境的响应与适应;

3)植物基因组大小的进化及其环境适应;

4)报春苣苔属物种形成与适应性进化;

5)报春苣苔苣苔属基因组资源与基因发掘。


doi: 10.1093/molbev/msaa238


Journal: Molecular Biology & Evolution

Published date: September 17, 2020



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