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计算热导率的lammps输入脚本以及相应的处理数据的matlab脚本

已有 573 次阅读 2017-10-13 01:52 |个人分类:计算物理基础|系统分类:科研笔记

   LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个非常流行的分子动力学模拟程序。虽然我并不用 LAMMPS 做任何研究,但也经常读它的相关文档和源代码(因为它太优秀了)。关于热导率的计算,绝大部分文献中都采用了 LAMMPS。这里给出我曾经写的两个(用于教学的)计算热导率的 LAMMPS 输入脚本以及相应的处理数据的 MATLAB 脚本,希望对某些初学者有些参考作用。实际上,我到目前为止也只写过这两个 LAMMPS 脚本。读者如果发现有什不对或不好的地方,还请指出。虽然我最近一篇文章(2015-PRB-Force and heat current formulas for many-body potentials in molecular d.pdf)指出 LAMMPS 的多体势热流公式有问题,但用 LAMMPS 的 NEMD (非平衡分子动力学)方法或者将 LAMMPS 的 EMD (平衡分子动力学)方法用于由两体势描述的系统都是没有问题的。


emd.in      是一个用 EMD 方法计算固态氩热导率的 LAMMPS 输入脚本。

plot_emd.m  这是对应的处理数据的 MATLAB 脚本

nemd.in     是一个用 NEMD 方法计算固态氩热导率的 LAMMPS 输入脚本。

plot_nemd.m 这是对应的处理数据的 MATLAB 脚本


   以上所有脚本中的代码都有详细的注释(几乎每一行代码都有注释),我这里就不啰嗦了。下面是个相关的讲义(包括 pdf 文档和 latex 源文件):

热导率计算讲义-樊哲勇-Jul-10-2017.pdf

热导率计算讲义-latex.zip





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