小说《隋唐演义》及其衍生的相关评书，突出描写了秦琼与单雄信之间的友谊，并衍生一个刻画朋友之间情谊的成语“两肋插刀”。但历史上二者之间的关系并非如此：虽然二者都曾是瓦岗阵营的成员，但二者属于不同的利益集团：单雄信（与徐世绩一起）更早加盟瓦岗，属于翟让集团；而秦琼随裴仁基作为大隋降将投靠瓦岗，当时瓦岗掌握在李密手中，因此秦琼属于李密集团。随后发生了李密杀害翟让的瓦岗内讧事件，虽然历史记载没有明确秦琼在这个事件中的参与程度，但可以推测秦琼和单雄信之间应该存在过节而非友谊。后来，瓦岗败于王世充，秦琼被俘而不得不投靠王世充，这其中可能与单雄信反水有一定关系，这进一步加深了二者的过节。二者之间不仅如此，根据相关史料进行分析，可以推测二者之间存在更大的仇恨。据《新唐书》，李渊嘉奖秦琼曰：“卿不恤妻子而来归我，且又立功，使朕肉可食，当割以啖尔，况子女玉帛乎！”。这意味着，秦琼投靠李渊时，并没有携带妻子和孩子，其妻子和孩子可能陷于洛阳王世充手中。另外，秦琼于619年投靠李渊，而历史上记载的秦琼的儿子秦怀道生于625年，使得秦琼与尉迟恭虽年龄相仿，但其儿子只能娶尉迟恭的孙女为妻了。这说明，秦琼原来的妻子和孩子可能被王世充所杀害，单雄信作为昔日战友束手旁观、甚至助纣为虐，秦琼自然对单雄信没有任何情义而言，这也就是为何当李世民杀单雄信时秦琼根本不会替他求情了。