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LEfSe在Linux下的安装过程

已有 11794 次阅读 2016-8-17 17:16 |个人分类:python|系统分类:科研笔记| LEfSe

此博文记录一下在linux下安装LEfSe的过程

   下载好LEfSe之后,目录下有个requirements.txt文件,其中要求


   R下利用install.packages("")在线安装相关的包,在安装mvtnorm时,出现报错信息

   goole查询到http://stackoverflow.com/questions/335928/ld-cannot-find-an-existing-library,按照此方式,locate

libgfortran.so,发现有libgfortran.so.3和libgfortran.so.3.0.0,于是建立libgfortran.so.3的软连接为libgfortran.so,然后再重新install.packages(“mvtnorm”),成功安装

     

   python的包利用pip install *进行安装,发现rpy2出现如下报错信息,



   locate相应的*.h文件,在/usr/include下建立相应的软连接,然后再pip install rpy2,成功实现安装。

   再使用run_lefse.py进行测试时,出现报错信息

google检索到http://stackoverflow.com/questions/30968865/could-not-install-rpy2-correctly,以为是R和python的问题,为此重新安装了python和R,运行时依然出现同样的报错,此时怀疑是否rpy2没有安装成功,为此下载rpy2本地利用python setup.py install进行安装,报错信息提示:

“R was not built as a library"

google进一步检索,http://stackoverflow.com/questions/16204246/installing-python-module-rpy2-after-installing-enthought-canopy,猜测是R安装时未进行编译导致的出错,于是R安装时./configure --enable-R-shlib,加上参数“--enable-R-shlib”实现安装。

   然后再安装rpy2正常,安装LEfSe需要的包正常。测试结果如下



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