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methylKit安装过程中的XML package报错

已有 1103 次阅读 2020-1-17 14:39 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记

R 3.6.1

参考如下说明安装methylKit

https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/methylKit.html


出现报错信息如下

ERROR: dependency ‘XML’ is not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/sas5/zuyuan/Bin/miniconda3/lib/R/library/rtracklayer’
ERROR: dependency ‘rtracklayer’ is not available for package ‘methylKit’
* removing ‘/sas5/zuyuan/Bin/miniconda3/lib/R/library/methylKit’

排查问题时,尝试单独安装‘XML’,出现报错信息

ERROR: configuration failed for package ‘XML’

检索到这个是由于configure的问题,详情见https://www.cnblogs.com/shuaihe/p/11379361.html

https://forums.fedoraforum.org/showthread.php?315915-can-not-install-xml-package-in-R


重新在R中设置configure的环境

>Sys.setenv(XML_CONFIG="/usr/bin/xml2-config")
>install.packages("XML")

重新安装,问题解决,再重新安装methylKit

BiocManager::install("methylKit")

顺利完成~



http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1214632.html

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